FDA adalah badan yang berada di bawah Jabatan Kesihatan dan Khidmat Masyarakat (United States Department of Health and Human Services) dan memiliki sejumlah Pejabat dan pusat perkhidmatan yang masing-masing mengkhususkan kepada bidang tertentu.

Jabatan dalam FDA:

• Pusat Keamanan Makanan dan Gizi Terapan (Center for Food Safety and Applied Nutrition, CFSAN)
• Pusat Penyelidikan dan Penilaian Ubatan (Center for Drug Evaluation and Research, CDER)
• Pusat Penyelidikan dan Penilaian Biologi (Center for Biologics Evaluation and Research, CBER)
• Pusat Peralatan dan Kesihatan Radiologi (Center for Devices and Radiological Health, CDRH)
• Pusat Kedoktoran Haiwan (Center for Veterinary Medicine, CVM)
• Pusat Penyelidikan Toksikologi Negara (National Center for Toxicological Research, NCTR)
• Pejabat Urusan Peraturan (Office of Regulatory Affairs)
• Pejabat Komisaris (Office of the Commissioner)

Ketua

FDA dipimpin seorang Komisaris bernama Andrew von Eschenbach yang disahkan Senat pada 7 Disember 2006 setelah bertugas sebagai Penjabat Komisaris selama 14 bulan. Von Eschenbach menggantikan Lester Crawford yang dilantik Presiden George W. Bush untuk memimpin FDA, namun beliau mengundurkan diri 23 September 2005 iaitu dua bulan sesudah jabatannya sebagai Komisaris FDA disahkan oleh Senat.