Perak FA telah menghabiskan musim 2006 bagi Liga Super Malaysia di tempat kedua, belakang Kedah FA. Perak Fa bermain baik di sepanjang musim, telah menjadi pendahulu liga dan menjadi pasukan pilihan memasuki baki dua perlawanan, tetapi seri 2–2 dengan Terengganu FA membolehkan Kedah FA merampas gelaran tersebut.

Pada akhir musim, pengurusan pasukam mengumumkan bahawa mereka akan melepaskan beberapa pemain senior yang pada asalnya mempunyai kontrak sehingga Oktober 2007 disebabkan oleh kekangan kewangan.[1]

Merupakan salah satu pasukan yang tidak akan bertindak dengan pantas selepas habis musim dalam mencari bakat bakat pemain baharu, mengikat kontrak pemain yang sedang meningkat juga pemain yang terbaik. Sentiasa memberi harapan kepada peminat setia Perak dengan memberikan objektif yang tidak munasabah kerana tindakan last minute mereka.

Pada musim 2021, Perak F.C. buat pertama kalinya turun pangkat ke Liga Premier apabila menamatkan saingan di tempat ke-11.