Proteases digunakan secara meluas dalam perindustrian, perubatan malah sebagai alat penyelidikan biologi yang asas.[6][7]

Protease pencerna merupakan salah satu komponen utama sabun pencuci, dan ia juga digunakan dalam industri pembuatan roti sebagai bahan peningkat roti. Pelbagai jenis protease digunakan dalam bidang perubatan sama ada untuk fungsi asal mereka (contohnya mengawal pembekuan darah) mahupun fungsi yang benar-benar baru (misalnya untuk penghapusan bersasaran protein patogen).