Pemangkin sisa

Protease boleh dikelaskan kepada tujuh kumpulan yang luas:[1]

• Protease serina - menggunakan alkohol serina
• Protease sisteina  - menggunakan tiol sisteina
• Protease treonina  - menggunakan alkohol sekunder treonina
• Protease aspartik  - menggunakan asid karboksilik aspartat
• Protease glutamik - menggunakan asid karboksilik glutamat
• Protease berlogam  - menggunakan logam seperti zink
• Liase peptida asparagin  - menggunakan aspargin untuk menghasilkan tindak balas penyingkiran (tanpa menggunakan air)

Protease mula-mula dikumpulkan ke dalam 84 keluarga berdasaran perkaitan evolusi jenis-jenis enzim ini pada tahun 1993; enzim-enzim ini dibahagikan kepada empat jenis kumpulan pemangkin: serina, sisteina, aspartik dan metaloprotease.[2] Protease treonina dan asid glutamik tidak digambarkan secara amnya sehingga pada tahun 1995 (untuk protease treonina) dan 2004 (untuk protease asid glutamik.

Turutan mengikut pH optimal

Protease boleh juga diklasifasikan mengikut pH optimal mereka di mana mereka boleh berfungsi dengan aktifnya:

• Protease asid
• Protease neutral
• Protease beralkali.