Protease terdapat dalam semua organisme, dari prokariot hingga ke eukariot, malah juga virus. Enzim-enzim ini terlibat dalam pelbagai tindak balas fisiologi dari yang mudah seperti pencernaan protein makanan hingga ke lata-lata yang berkawalan tinggi (contohnya lata pembekuan darah, melengkapi sistem, apoptosis laluan bera, dan invertebrata prophenoloxidase-mengaktifkan lata). Protease bukan sahaja berkebolehan memecahkan ikatan peptida yang spesifik bergantung kepada asid amino urutan protein (proteolisis terhad), tetapi juga mampu memecahkan peptida secara sepenuhnya menjadi asid amino (proteolisis tanpa had). Aktiviti ini boleh berperanan sebagai agen perosak (misalnya menghapuskan fungsi sesebuah protein ataupun mencernakannya kepada komponen utama), ia boleh menjadi satu bentuk pengaktifan sesebuah fungsi, ataupun boleh menjadi isyarat dalam satu siri lintasan berisyarat.

Dalam tumbuh-tumbuhan

Genom tumbuhan mengekodkan ratusan protease, sebahagian besar daripada enzim-enzim ini tidak diketahui dengan jelas fungsi mereka. Protease-protease yang diketahui fungsi mereka terlibat dalam mengawal tumbesaran tumbuh-tumbuhan.[3] Protease tumbuhan juga memainkan peranan dalam mengatur proses fotosintesis.[4]

Dalam haiwan

Protease digunakan untuk pelbagai proses metabolik dalam sesebuah organisme for various metabolic processes. Protease asid yang dirembeskan ke dalam perut (pepsin misalnya) and serine proteases present in duodenum (trypsin and chymotrypsin) membantu manusia mencerna protein yang ada dalam makanan. Enzim-enzim protease yang wujud dalam serum darah seperti thrombin, plasmin, faktor Hageman dan sebagainya memainkan peranan yang penting dalam proses penggumpalan darah. Protease-protease turut ada dalam leukosit (elastase, cathepsin G) mempunyai peranan yang pelbagai dalam pengawalan metabolik sel.

Protease menentukan jangka hayat protein-protein lain yang berperanan penting dari aspek fisiologi seperti hormon-hormon, antibodi dan sebagainya - ia merupakan mekanisme pengawalan paling cepat yang didapati dalam sesebuah organisme.

Dalam bakteria

Bakteria merembeskan protease untuk memecahkan ikatan peptida dalam protein-protein lalu protein-protein tersebut dapat dicernakan menjadi komponen-komponen asid amino mereka yang asas. Protease bakteria dan kulat memainkan perana yang penting dalam kitaran global karbon dan nitrogen dari segi pengitaran semula protein di mana kegiatan sebegini dikawal atur berdasarkan isyarat nutrisi yang terkandung dalam organisme yang terbabit.[5]

Sesebuah protease bakteria yang dirembeskan juga boleh bertindak sebagai suatu eksotoksin, lalu ia boleh dijadikan faktor penularan dalam pathogenesis bakteria yakni bagaimanakah sesebuah penyakit itu boleh terhasil. Protease bakteria yang bereksotoksik mampu menguraikan struktur luar sel.