Pulau Layang-Layang terletak 162 batu nautika bersamaan 300 km dari barat laut Kota Kinabalu, yakni dalam lingkungan 200 batu nautika zon eksklusif seperti yang dibenarkan menurut Konvensyen Undang-undang Laut Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu. Terumbu atau Pulau Layang-Layang terletak di Laut China Selatan. Pulau ini timbul hampir 2000 meter dari dasar laut. Berukuran sepanjang 1.2 km dan selebar 200 meter, pulau berbentuk bujur ini amat menarik dengan pelbagai pemandangan dasar laut yang mengagumkan, kepelbagaian batu karang dan ikan terumbu, termasuk haiwan laut dalam (pelagik) yang menjadi daya tarikan kepada para penyelam. Pulau Layang-Layang juga menjadi tempat perlindungan kepada beribu-ribu ekor burung berpindah.[4]

Iklim

Terletak berdekatan dengan jalur khatulistiwa, Pulau Layang-Layang mengalami iklim khatulistiwa (iklim hutan hujan tropika). Pada bulan November hingga Januari, kawasan pulau ditutup kepada pelancong kerana ketika itu musim hujan lebat atau musim tengkujuh berlaku. Julat suhunya ialah 24 hingga 32°C. Walaupun mengalami cuaca panas dan hujan setiap tahun, bayu laut sering mendinginkan kawasan pulau.