Bahagian barat Sabah amnya adalah kawasan pergunungan dengan Banjaran Crocker merupakan banjaran yang mempunyai tinggi sekitar 1,000 hingga 4,000 meter. Pada ketinggian 4,095 meter, Gunung Kinabalu merupakan gunung yang tertinggi di Kepulauan Borneo dan diiktiraf sebagai gunung yang kesepuluh tertinggi di Asia Tenggara.

Hutan belantara di Sabah dikategorikan sebagai hutan hujan tropika dan merupakan tuan rumah kepada pelbagai jenis tumbuhan dan hidupan liar. Taman Negara Kinabalu telah disenaraikan sebagai Tapak Warisan Dunia oleh UNESCO pada tahun 2000 kerana kekayaannya dalam kepelbagaian tumbuhan, juga digabungkan dengan keadaan geologi, topografi serta iklim yang unik.[10]

Berada berdekatan Gunung Kinabalu ialah Gunung Tambuyukon yang mempunyai ketinggian 2,579 meter dan merupakan puncak ketiga tertinggi di negeri ini.[11] Bersebelahan dengan Banjaran Crocker pula ialah Banjaran Trusmadi dengan puncaknya Gunung Trusmadi yang merupakan gunung kedua tertinggi di negeri ini selepas Gunung Kinabalu dengan ketinggian 2,642 meter.

Bahagian tengah dan timur Sabah secara amnya terdiri daripada banjaran gunung, dataran dan juga bukit. Sungai Kinabatangan bermula dari banjaran melalui kawasan tengah ke arah pantai timur sehinggalah keluar ke Laut Sulu.[12] Ia adalah sungai kedua terpanjang di Malaysia selepas Sungai Rajang yang terdapat di Sarawak. Hutan di sekeliling lembah sungai juga mengandungi pelbagai habitat hidupan liar.[12]

Lain-lain kawasan hidupan liar yang penting di Sabah termasuk Lembangan Maliau, Lembah Danum, Tabin, Imbak Canyon dan Sepilok.[13] Tempat-tempat ini adalah sama ada ditetapkan sebagai taman negara, rizab hidupan liar, hutan rizab, atau hutan simpan.[13]

Lebih tiga suku daripada penduduk manusia mendiami dataran pantai. Bandar-bandar utama dan pusat bandar telah tumbuh di sepanjang pantai Sabah. Kawasan pedalaman masih jarang berpenghuni dan lebih tertumpu kepada perkampungan sahaja.