Sandakan terletak di pantai timur Sabah menghadap Laut Sulu, dengan sebuah bandar yang dikenali sebagai salah satu daripada bandar pelabuhan di Malaysia.[14] Bandar ini terletak kira-kira 1,900 kilometer dari ibu negara Malaysia Kuala Lumpur, 28 kilometer dari sempadan antarabangsa dengan Filipina dan 319 kilometer dari ibu negeri Sabah Kota Kinabalu.[15][16] Daerah ini sendiri dikelilingi oleh Beluran (dikenali sebagai Daerah Labuk-Sugut sebelum ini) dan daerah Kinabatangan.[17][18] Tidak jauh dari bandar, terdapat tiga Pulau Penyu Malaysia iaitu Selingaan, Gulisaan dan Bakkungan Kechil.[19] Pulau terdekat dengan bandar ini ialah Pulau Berhala, Pulau Duyong, Pulau Nunuyan Darat, Pulau Nunuyan Laut, dan Pulau Bai.[17]

Iklim

Sandakan mempunyai iklim hutan hujan tropika di bawah pengelasan iklim Köppen. Iklim di Sandakan agak panas dan lembap dengan suhu teduh sederhana sekitar 32 °C, dengan sekitar 32 °C pada waktu tengah hari menurun sehingga sekitar 27 °C pada waktu malam. Bandar ini mengalami kerpasan sepanjang tahun, dengan kecenderungan pada bulan Oktober hingga bulan Februari menjadi bulan terlembap, manakala bulan April ialah bulan terkering. Min hujan di Sandakan berubah-ubah dari 2184 mm hingga 3988 mm.[20][21]