Terdapat banyak sekolah kerajaan atau negeri di dalam dan sekitar bandar ini. Sekolah rendah pertama di bandar ini ialah Sekolah Kebangsaan St. Mary Town yang dibuka oleh Rev. Fr. A. Prenger yang menjadi guru besar pertama bersama-sama dengan Rev. Fr. Pundleider, iaitu seorang paderi Mill Hill.[2] Sekolah berkenaan ialah Sekolah Mubaligh Katolik serta sekolah lelaki dan telah dibuka sejak 24 Julai 1883, menjadikannya sekolah tertua di Borneo.[30] Bagi sekolah menengah, kebanyakannya Sekolah Menengah Kebangsaan, beberapa Sekolah Mubaligh Kristian, satu Pusat Tingkatan Enam, beberapa Sekolah Bestari, beberapa sekolah sama jantina dan beberapa Sekolah Jenis Cina serta Sekolah Menengah Teknik Sandakan and Sekolah Menengah Kebangsaan Agama Tun Juhar Sandakan.[31] Satu sekolah awam bebas juga ada di bandar ini iaitu Sekolah Menengah Yu Yuan.[32] Maktab Rendah Sains MARA ketiga di Sabah terletak di daerah ini iaitu Maktab Rendah Sains MARA Tun Mohammad Fuad Stephens. Sekolah Seni Malaysia bagi negeri ini terletak di daerah ini juga.

Bagi pendidikan tinggi, terdapat Politeknik Sandakan, ILP Sandakan, GIATMARA Sandakan dan Kinabalu Commercial College. Universiti seperti Universiti Malaysia Sabah, Universiti Terbuka Malaysia dan Universiti Putra Malaysia telah membuka kampus di sini.