Sejarah Johor Moden bolehlah dikatakan dari pemerintahan Sultan Abu Bakar bin Temenggong Daeng Ibrahim. Sultan Abu Bakar mengambil alih pentadbiran Johor dari bapanya Temenggong Ibrahim pada 1870-an . Baginda memindahkan pentadbiran dari Teluk Belanga, Singapura ke Johor Baharu. Pada 1885, Johor mengadakan perjanjian persahabatan dengan Great Britain.Setiap kali berhadapan dengan masalah pentadbiran, Sultan Abu Bakar akan belayar ke London dan ini mewujudkan diplomasi dengan kerajaan Great Britain.Semasa ketiadannya, pentadbiran Johor diserahkan kepada keluarga dan pengikut.Beberapa elit / bangsawan Melayu memainkan peranan penting dalam sejarah Johor moden. Arkitek utama ialah Ungku Abdul Rahman Ungku Abdul Majid, Dato Menteri Jaafar Muhamad, Dato' Mohamad Salleh bin Perang dan Dato' Mohamad Ibrahim bin Munshi Abdullah. Pentadbiran Johor dibantu oleh beberapa orang Eropah yang menetap di Singapura. Antaranya ialah Hole William menjadi setiausaha Sultan Abu Bakar dan Dato' Sri Amar Diraja, Abdul Rahman Andak. Howard Bentley menjadi Ketua Pejabat Pos, Majistret dan Pengarah Imigresen; Tom Kerr menjadi Penguasa Kewangan Kerajaan; WF Garland - Juruukur awam; Kapten Newland - Komandan Tentera Johor. Semasa ketiadaan Sultan melawat London, Johor ditadbir oleh elit Melayu Johor. Sultan Abu Bakar meninggal dunia pada 1885 di London kerana --[1]Laporan oleh Sir Robert Herbert yang menjadi Pengerusi Lembaga Penasihat Johor di London mendapati rekod kewangan Johor sangat buruk. Pengganti Sultan Abu Bakar ialah anaknya Sultan Ibrahim, mewarisi perbendaharaan kosong dan menanggung hutang besar bapanya. Sultan Ibrahim telah membentuk Suruhanjaya Perkhidmatan Awam Johor dengan perlantikan pegawai-pegawai baru pada 1895. Antaranya ialah Muhammad Ibrahim bin Munsyi Abdullah, Dato' Bentara Dalam; Mohamed Hassan bin Dato' Sri Setia Raja Tahir. Dato' Jaafar Muhamad terus dikekalkan sebagai Menteri Besar Johor manakala Engku Suleiman bin Engku Daud (saudara sultan) sebagai Pesuruhjaya negeri dalam Jajahan Muar. Dato' Mohamed Mahbob menjadi Setiausaha kerajaan Johor. Ismail bin Bachok menjadi Pesuruhjaya Polis di Muar. Apabila Mohamed Mahbob cuti sakit di India, dia diganti oleh Ismail bin Bachok.Jawatan baru telah diwujudkan seperti Ketua Perbendaharaan; Pesuruhjaya Ketua Polis Negara, Ketua Audit Negeri; Komandan Penjara dan akhirnya Ketua Jabatan Kerja Raya Johor. Nepostisme berlaku pada 1914, apabila 11 jawatan baru, 7 daripadanya berkait rapat dengan Dato' Menteri Besar, Dato' Jaafar Muhamad. Golongan elit agama disisih dari jentera kerajaan.Sultan Ibrahim mulanya mahu lebih banyak pegawai Eropah berkhidmat di Johor. Sejak 1914, Johor menerima penasihat British. Sultan Ibrahim mengemukakan memorandum kepada Sir Philip Cunliffe iaitu Setiausaha Negara bagi Tanah Jajahan. Baginda menyatakan rasa tidak setuju dengan pelantikan lebih banyak orang Eropah di Johor. Bilangan pegawai Melayu hendaklah sama pegawai Eropah.Pada Pada 11 Mei 1914, Sultan Ibrahim ibni Almarhum Sultan Abu Bakar mengutus surat kepada Gabenor Sir Arthur Young, mahukan tindakan dilakukan. Dato' Onn Jaafar selaku Menteri Besar Johor lebih kritikal terhadap pegawai British terutama darjat dan perbezaan gaji .[2]Eric Robertson menghubungkaitkan pelabur Jepun di Johor dengan aktiviti perisikan yang berpengkalan di Bangkok. Perisik Jepun meninjau ketenteraan British di Singapura dan menjadi punca kemenangan Jepun dalam Perang Dunia II. Pada 1936, kegiatan ekonomi Jepun mula berkurang akibat Perang China-Jepun.Pengusaha Jepun, Retsunosuke Kawashima telah dibenarkan membuka tanah untuk penanaman padi dan pertanian komersial di dalam daerah Chohong, Muar. Tanah seluas 1,000 ekar. Beliau juga dibenarkan untuk mengimpot dan memperkenalkan buruh-buruh Jepun dalam kegiatan penanaman padi dan pertanian yang lain. Retsunosuke Kawashima ( 74 tahun) telah memajak kawasan hutan seluas 150,000 ekar di Muar selama 99 tahun mulai tahun 1897 dari Sultan Johor. Sebenarnya, Kawashima pernah meminta kawasan seluas 2,000 ekar tanah di Tanjung Olak, 1,000 ekar di Parit Jawa dan 2,000 ekar lagi di Chohong kerana hendak bersawah padi dan lain-lain tanaman. Permohonan lain ditolak kerana 1000 ekar di Chohong tidak diusahakannya sehingga habis tempoh kebenaran selama setahun.