Sultan Sir Abu Bakar Al-Khalil Ibrahim Shah Ibni Al-Marhum Tun Temenggong Seri Maharaja Tun Ibrahim (3 Februari 1833 - 4 Jun 1895)(
Jawi: المرحوم سلطان سير ابو بكر ابن المرحوم تماڠڬوڠ دايڠ إبراهيم سري مهاراج جوهر ) telah menggantikan ayahandanya,
Temenggung Daeng Ibrahim, bagi mentadbir Johor dari 1862 hingga 1895. Baginda berumur lebih kurang 28 tahun semasa ayahandanya mangkat
[3]. Baginda memakai gelaran Maharaja Johor pada 1868. Baginda ialah sultan Johor era moden pertama. Temenggung Abu Bakar ialah seorang tokoh dan pemerintah Johor yang amat bijaksana. Baginda telah memajukan dan mengukuhkan kerajaan Johor di bawah Dinasti Temenggung dan membuat hubungan diplomasi dengan kerajaan Riau-Lingga. Pada 1 Januari 1866, baginda telah menukarkan nama Tanjung Puteri atau Iskandar Puteri kepada
Johor Bahru dan menjadikannya pusat pentadbiran kerajaan Johor. Temenggung Abu Bakar memberi galakan kepada orang
Cina membuka ladang lada hitam dan gambir dipanggil "Sistem Kangcu".Temenggung Abu Bakar telah memajukan Johor dengan menggabungkan tradisi Melayu dengan birokrasi Barat dan digelar Bapa Johor Moden. Pentadbirannya yang cekap dan tersusun diakui sendiri British, lantas baginda tidak akan melantik pegawai British sebagai penasihat. Baginda telah mendapat pendidikan Barat sejak kecil lagi. Oleh itu, beliau sangat terpengaruh dengan cara pemerintahan dan pentadbiran Barat. Baginda juga telah membuat banyak lawatan ke negara-negara
Eropah terutamanya ke
England, untuk mencari pengalaman dan mempelajari cara orang Barat memerintah dan mentadbirkan negara. Kebijaksanaannya menyebabkan baginda dihormati oleh pedagang dan pemerintah
British. Baginda juga bersahabat baik dengan
Ratu Victoria, ratu Great Britain pada masa itu. Ratu Victoria telah mengurniakan gelaran Maharaja Johor kepada Temenggung Abu Bakar pada tahun 1868 dan seterusnya baginda memakai gelaran Maharaja Johor.