Angin Sungai Pasig umumnya utara-barat untuk sekitar 25 kilometer (15.5 mi) dari Laguna de Bay, tasik yang terbesar di Filipina, ke Teluk Manila, di bahagian selatan pulau Luzon. Dari tasik, sungai ini berjalan antara Taguig dan Taytay, Rizal, sebelum memasuki Pasig. Bahagian Sungai Pasig ini, dengan pertemuan dengan anak sungai Sungai Marikina, dikenali sebagai Sungai Napindan atau Saluran Napindan.

Dari sana, Pasig bentuknya mengalir melalui Pasig sehingga berhadapan dengan Sungai Taguig, Dari sini, ia membentuk sempadan antara Mandaluyong ke utara dan Makati ke selatan.. Sungai itu kemudiannya berubah menjadi timur laut, di mana ia menjadi sempadan antara Mandaluyong dan Manila sebelum berpaling ke arah barat, menyertai anak sungai utama yang lain, Sungai San Juan, dan kemudian mengikuti jalan yang sinis melalui pusat Manila sebelum mengosongkan ke teluk.

Seluruh sungai dan sebahagian besar cawangannya terletak sepenuhnya di Metro Manila, rantau metropolitan di ibu negara. Isla de Convalecencia, satu-satunya pulau yang membahagikan Sungai Pasig, boleh ditemui di Manila dan di mana terletak Hospicio de San Jose.