Berpangkalan di Basel, Switzerland, Syngenta ditubuhkan 13 November 2000 oleh penggabungan Novartis Agribusiness dan Zeneca Agrochemicals.[4][5] Akar umbinya dianggap paling tertua.

Novartis ditubuhkan pada 1996 melalui penggabungan tiga syarikat Switzerland:[6] Geigy, yang bermula pada 1758;[7] Sandoz Laboratories yang ditubuhkan pada 1876; dan Ciba, ditubuhkan pada 1884.[8] Ciba dan Geigy bergabung pada 1971 dan telah menumpukan perhatian sepenuhnya kepada perlindungan tanaman di dalam pembahagian agronya, Sandoz lebih kepada biji benih.

Zeneca Agrochemicals merupakan sebahagian daripada AstraZeneca, dan dahulunya dari Imperial Chemical Industries. ICI ditubuhkan di UK pada 1926. Dua tahun kemudian, tugas bermula di Stesen Penyelidikan Pertanian di Jealotts Hill berdekatan Bracknell.[9]

Pada tahun 2004, Syngenta Seeds memperoleh Garst, perniagaan kacang soya dan jagung Amerika Utara dari Advanta, dan juga Golden Harvest Seeds.[10][11] Pada 5 Disember 2004, Kesatuan Eropah menamatkan moratorium enam tahun apabila ia meluluskan import of two jagung yang diubahsuai secara genetik yang dijual oleh Monsanto kepada Syngenta.[12]

Pada tahun 2005, Syngenta menentang pengharaman Switzerland terhadap organisma kejuruteraan genetik.[13] Pada 28 November 2005, Switzerland menggubal larangan selama lima tahun mengenai pertanian tanaman diubahsuai secara genetik, menggariskan masalah yang dihadapi oleh Suruhanjaya Eropah dan syarikat-syarikat bioteknologi seperti Syngenta, Bayer dan Monsanto ketika mereka berusaha mengatasi keraguan pengguna mengenai keselamatan.[14]

Setakat 2014 pesaing utama Syngenta ialah Monsanto Company, BASF, Dow AgroSciences, Bayer CropScience dan DuPont Pioneer.[15]

Pada tahun 2014, Monsanto berusaha mendapatkan Syngenta yang dilaporkan bernilai $ 40 bilion, tetapi Syngenta menolak tawaran tersebut.[2][16] Sejak April 2015 Monsanto dan Syngenta telah bekerja dengan bank pelaburan Morgan Stanley dan Goldman Sachs dalam perjanjian. Perbendaharaan A.S. cuba menghentikan kesepakatan untuk penyongsangan cukai.[17] Lembaga Pengarah Syngenta menolak tawaran yang lebih baik oleh Monsanto pada Ogos 2015, dan Monsanto menarik diri dari rundingan pada 26 Ogos.[18]

Pembelian Monsanto yang gagal menyebabkan saham Syngenta meningkat hampir 40%. Pada Februari 2016, ChemChina, sebuah syarikat milik negara China, menawarkan untuk membeli Syngenta untuk $43 bilion (480 franc Swiss setiap saham), perjanjian yang syarikat itu "sebulat suara disyorkan kepada para pemegang saham".[19]

Pada September 2019, syarikat ini memperoleh semua aset The Cropio Group, sebuah syarikat teknologi pertanian.[20]