Teluk Manila telah dihubungkan dengan Laguna de Bay ("bai") kira-kira 3,000 tahun lalu.[2] Kenaikan episod berulang di sepanjang Kerosakan Lembah Marikina Barat[3] menyebabkan kedua-duanya pecah. Interaksi antara Teluk Manila dan Laguna de Bay hari ini hanya berlaku melalui Sungai Pasig.

Teluk ini adalah penetapan untuk Pertempuran Teluk Manila pada tahun 1898, di mana tentera Amerika yang diketuai oleh Commodore George Dewey merampas kawasan itu. Pertempuran ini memamerkan kekuatan tentera laut Amerika Syarikat. Semua kapal Sepanyol utama dimusnahkan dan ditangkap.[4] Dengan sejarah masa lalu dan kehidupan laut yang melimpah,[5] Teluk Manila menjadi portal lautan dan epipusat Filipina bagi kerajaan, ekonomi dan industri.[4] Semasa Perang Russo-Jepun pada penutupan Pertempuran Tsushima pada tahun 1905, tiga kapal perang yang dilindungi Rusia (Aurora, Zhemchug, dan Oleg) berjaya membuat pelabuhan di Manila yang dikendalikan oleh Amerika untuk pembaikan. Walau bagaimanapun, kerana AS adalah neutral dalam konflik ini, ketiga-tiga kapal perang dan kru mereka terus diasingkan oleh Amerika Syarikat sehingga perang secara rasmi berakhir pada September 1905. Semasa Perang Dunia II, Pulau Corregidor telah dilampirkan oleh angkatan tentera Jepun di Teluk Manila. Lebih awal lagi, pelbagai pertempuran lain telah dilancarkan dari pangkalan tentera laut ini, termasuk Pertempuran La Naval de Manila pada tahun 1646, yang akhirnya mengakhiri percubaan Belanda untuk merebut Filipina. Teluk ini tetap penting untuk perdagangan dan industri, termasuk memancing, walaupun pertumbuhan bandar yang pesat dan perindustrian menyumbang kepada penurunan kualiti air dan merosot habitat marin. Ia juga memberi tumpuan untuk rekreasi untuk Metro Manila dan merupakan destinasi popular untuk berjalan-jalan dan untuk melihat matahari terbenam. Kebanyakan tanah yang menghadap ke teluk di sepanjang Metro Manila ditebus tanah yang kini termasuk tapak penting seperti Senat Filipina dan Mall of Asia.

Pada 27 September 2011, dinding laut Manila Bay telah dimusnahkan oleh lonjakan ribut yang disebabkan oleh Taufan Pedring. Malah Kedutaan Amerika Syarikat, Museo Pambata dan Sofitel Philippine Plaza terendam oleh banjir. Dianggarkan kerosakan itu akan menelan kos sebanyak P30 juta untuk membaiki.[6] Pada April 2012, dinding laut sekali lagi dibuka kepada orang ramai, yang telah direka semula untuk menahan gelombang ribut yang kuat.