Tol terusan diputuskan oleh Pihak Berkuasa Terusan Panama dan berdasarkan jenis dan saiz kapal, serta juga jenis muatan yang diangkut. [15]

Untuk kapal kontena, tol ditaksir berdasarkan "TEU" (Unit Setara 20-Kaki; bahasa Inggeris: Twenty-foot Equivalent Unit) yang merupakan saiz untuk sebuah kontena yang berukuran 20 kaki x 8 kaki x 8.5 kaki (6 m x 2.4 m x 2.6 m). Mulai dari 1 Mei 2006, tol ini ialah AS$49 setiap TEU, dengan kenaikan kepada AS$54 pada 1 Mei 2007 dijadualkan. Sebuah kapal kontena Panamax boleh membawa muatan sehingga 4,400 TEU. Tol yang lebih murah dikenakan pada kapal-kapal kontena yang "membawa balast sahaja", iaitu belayar tanpa membawa muatan atau penumpang.

Kebanyakan jenis kapal yang lain membayar tol mengikut tan bersih PC/UMS, dengan satu "tan" sebenarnya merupakan isi padu sebanyak 100 kaki padu (2.8 m³). Penghitungan tanan untuk kapal komersil adalah agak rumit. Pada tahun 2006, tolnya ialah:

• AS$2.96 setiap tan untuk 10,000 tan pertama;
• AS$2.90 setan untuk 10,000 tan berikut; dan
• AS$2.85 setan selepas itu.

Sebagaimana dengan kapal kontena, tol dikurang untuk kapal-kapal pengangkut yang "membawa balast sahaja". Kapal-kapal kecil ditaksir berdasarkan panjangnya. Pada tahun 2006, kadarnya adalah seperti yang berikut:

Tol Terusan Panama yang paling mahal sehingga hari ini ialah tol yang dikenakan pada kapal kontena Maersk Dellys pada 30 Meil 2006; harga yang dibayar ialah AS$249,165.00. Sebaliknya, tol yang paling murah ialah 36 sen yang dikenakan pada Richard Halliburton, pengembara Amerika Syarikat, yang berenang merentasi terusan ini pada tahun 1928. [16] Bagaimanapun, harga tol purata ialah sekitar AS$54,000.