Tokyo Metro dikendalikan oleh Tokyo Metro Co., Ltd. (東京地下鉄株式会社, Tōkyō Chikatetsu Kabushiki-gaisha), sebuah syarikat swasta yang dimiliki bersama oleh kerajaan Jepun dan kerajaan Metropolitan Tokyo.

Syarikat ini menggantikan Lembaga Transit aliran Teito (帝都高速度交通営団, Teito Kōsokudo Kōtsū Eidan) atau lebih dikenali sebagai Eidan atau TRTA sejak 1 April 2004. TRTA telah ditadbir oleh Kementerian Tanah, Infrastruktur dan Pengangkutan Jepun. Ia dibiayai bersama oleh kerajaan pusat dan metropolitan. Ia telah ditubuhkan pada tahun 1941 atau seawal 1927.

Pengendali kereta bawah tanah yang lain ialah Biro Pengangkutan Metropolitan Tokyo (Toei), yang dimiliki sepenuhnya oleh kerajaan Tokyo. Kereta api Metro dan Toei membentuk rangkaian yang berasingan. Pas kereta api prabayar boleh bertukar ganti antara kedua-dua rangkaian. Namun tambang dinilai secara berasingan.