Prasejarah Vanuatu tidak berapa jelas.Bahasa Austronesia pertama kali digunakan di pulau-pulau ini sekitar 4.000 tahun yang lalu. Fragmen tembikar yang telah ditemui bertarikh 1300-1100 SM .

Orang Eropah bernama Espiritu Santo pada tahun 1606 yang merupakan ahli pelayaran Portugis Pedro Fernandes de Queirós bekerja untuk Putera Sepanyol. Orang Eropah tidak kembali sehingga 1768. Louis-Antoine de Bougainville kembali ke pulau-pulau ini. Pada tahun 1774 pula, Kapten James Cook menamakannya pulau New Hebrides yang kekal dipakai sehinggalah kemerdekaan negara ini.

Pada tahun 1825, pedagang Petrus Dillon menemui kayu cendana di pulau Erromango . Tahun 1830 berlaku pertengkaran antara pekerja pendatang dan pribumi Polynesia Melanesia. Selama 1860, pekebun di Australia, Fiji, New Caledonia, dan Kepulauan Samoa memerlukan tenaga kerja. Perdagangan tenaga kerja berlaku .

Abad ke-19 , mubaligh Katolik dan Protestan tiba di pulau-pulau ini. Mereka mencari tanah untuk mendirikan ladang kapas. Ketika harga kapas antarabangsa runtuh, pekebun beralih kepada kopi, coklat, pisang, dan yang paling berjaya, kelapa. Pada awalnya, ramai warga Inggeris dari Australia.

Tahun 1906, Perancis dan Inggeris Raya bersetuju untuk bersama-sama menguruskan pulau-pulau ini . Ia disebut Condominium Inggeris-Perancis iaitu satu bentuk kerajaan yang unik, dengan sistem kerajaan berasingan tetapi mahkamah bersama. Orang Melanesia dilarang mendapat kewarganegaraan daripada kedua-dua kuasa.

Tantangan bermula pada awal 1940-an. Kedatangan Amerika selama Perang Dunia II, membangkitkan nasionalisme di pulau Vanuatu. Antaranya ialah figur mesianis yang mistis bernama John Frum. Beliau menjanjikan pembebasan Melanesia. Akhirnya John Frum adalah pendiri agama , menubuhkan parti politik dan menjadi ahli di Parlimen.

Parti politik yang pertama ditubuhkan awal 1970-an bernama Parti Kebangsaan Hebrides Baru. Pengasasnya adalah Bapa Walter Lini , yang kemudian menjadi Perdana Menteri Vanuatu. Parti ini menuntut kemerdekaan; pada tahun 1980, di tengah-tengah Perang Kelapa dan Republik Vanuatu berjaya dibentuk.

1990-an Vanuatu politik tidak stabil dan akhirnya mengakibatkan kerajaan yang lebih terdesentralisasi. Vanuatu Mobile Force, sebuah kumpulan PGA cuba merampas kuasa pada tahun 1996 kerana pertikaian gaji. Rasuah dikatakan berlaku dalam kerajaan Maxime Carlot . Pilihan raya umum baru diadakan beberapa kali sejak tahun 1997 dan yang paling baru pada tahun 2004.