Termakan atau tersedut 93Zr, isotop radioaktif, boleh meningkatkan risiko terkena kanser. Pendedahan yang sekejap terhadap serbuk zirkonium sudah mampu mengakibatkan radang, tetapi pemeriksaan perubatan hanya diperlukan apabila ia terkena pada mata. Sebatian zirkonium yang disedut boleh mengakibatkan granuloma kulit dan peparu. Aerosol zirkonium pula boleh menyebabkan granuloma pulmonari. Pendedahan yang berterusan terhadap zirkonium tetraklorida menyebabkan peningkatan kadar kematian pada tikus dan tikus Belanda dan penurunan hemoglobin darah dan sel darah merah dalam anjing.