Mineral zirkon yang mengandungi zirkonium , atau variasinya yang lain (jargoon, hyacinth, jacinth, ligure), diutarakan dalam penulisan kitab Bible. Mineral tersebut tidak diketahui mengandungi unsur baru sehingga tahun 1789, apabila Martin Heinrich Klaproth menganalisis jargoon dari kepulauan Ceylon di Lautan India. Dia telah menamakan unsur tersebut sebagai Zirkonerde (zirkonia). Humphry Davy telah cuba untuk mengasingkan unsur ini melalui elektrolisis, tetapi gagal. Zirkonium (dari bahasa Syiria ‘’zargona’’, bahasa Arab zarkûn, bahasa Parsi zargûn, yang bermaksud “seperti emas”) buat pertama kalinya diasingkan dalam bentuk yang tidak tulen sepenuhnya pada tahun 1824 oleh Berzilius dengan memanaskan campuran kalium dan kalium-zirkonium fluorida dalam proses pereputan yang kecil dalam tiub besi.Proses bar kristal (atau proses iodida) yang ditemui oleh Anton Eduard van Arkel dan Jan Hendrik de Boer pada tahun 1925 merupakan proses industri pertama untuk penghasilan logam zirkonium tulen secara komersial. Proses tersebut melibatkan zirkonium tetraiodida terurai. Proses ini kemudiannya digantikan dengan proses yang lebih murah iaitu proses Kroll yang dibangunkan oleh William Justin Kroll.