Beliau merupakan seorang ustaz, guru agama yang mempunyai kemahiran dan kepimpinan spiritual.

• 1969 Abu Bakar Basyir dan Abdullah Sungkar dianggap menubuhkan Darul Islam yang bertujuan mendirikan Daulah Islamiyah iaitu sebuah negara Islam yang ideal.
• 1972 Abu Bakar mendirikan pondok pesantren Al-Mukmin bersama rakannya iaitu Abdullah Sungkar, Hassan Basri dan Yoyok Rosywadi , Abdul Qohar H. Daeng Matase dan Abdillah Baraja. Alamatnya di Jalan Gading Kidul 72 A, Desa Ngruki, Kabupaten Sukoharjo, Jawa Tengah. Pondok seluas 8.000 meter persegi hanya 2,5 kilometer dari Solo. Aktivitinya kuliah zuhur . Basyir dan rakan-rakannya mengadakan siaran radio dan menyampaikan pengajian agama Islam di Indonesia. Moto pesantrennya 'Hidup mulia, mati mendapat syurga'.

• Abu Bakar dijatuhi hukuman penjara selama 19 tahun kerana menolak asas tunggal Pancasila yang merupakan prinsip utama Indonesia. Ramai warga Islam Indonesia memandang Pancasila sebagai bertentangan dengan prinsip agama Islam. Setelah rayuan, hukuman itu diringankan menjadi 15 tahun sahaja dan dikenakan tahanan dalam rumah sahaja.

• 1982 Abu Bakar Basyir ambil kesempatan itu melarikan diri ke Malaysia, menetap di beberapa tempat di Johor dan di Kampung Sungai Manggis , Banting , Selangor . Abu Bakar berniaga kecil-kecilan dan mengajar ilmu agama. Menurut CIA , ketika inilah Jemaah Islamiah ditubuhkan dan ahlinya tersebar hingga ke Filipina dan Singapura.
• 1990-an Abu Bakar bekerjasama dengan Hambali @ Riduan Hisamuddin di Johor yang melihat kekhalifahan Islam di Asia Tenggara dapat menyelesaikan masalah umat Islam sejagat. Abu Bakar memang menyeru kepada jihad tetapi tidak melalui aksi militan. Sementara Hambali cenderung kepada aksi militan.

• 1998 Abu Bakar kembali ke Indonesia selepas Presiden Suharto tumbang. Sedangkan Hambali terus berjuang melalui gerakan bawah tanah.

• 1998 beliau menghidupkan kembali pondok pesantren Al-Mukmin dan menubuhkan Majlis Mujahidin Indonesia serta menyeru perjuangan jihad. Sejak itu jumlah pelajar bertambah dan beberapa ratus menjadi lebih 2000 orang. Antara pelajaran yang diajarkan ialah bahasa Inggeris.

Aktiviti tersembunyi Abu Bakar terdedah melalui:

• • Polis Malaysia yang menangkap beberapa anggota kumpulan militan Kumpulan Mujahidin Malaysia (KMM) yang disyaki terlibat dalam gerakan militan untuk menjatuhkan kerajaan Malaysia . Anggota KMM mengaku Abu Bakar serbagai penggerak kumpulan itu.
  • Anggota Jemaah Islamiah di Singapura yang ditangkap di Singapura turut menuding jari kepada Abu Bakar sebagai dalang gerakan mereka.
  • Beberapa dokumen risikan menddedahkan bahawa Abu Bakar menerima dana daripada Al-Qaeda untuk membiayai operasi keganasan di Asia Tenggara.