Islam adalah agama utama negara dan diiktiraf sebagai agama rasmi negara.[11] Ia diamalkan oleh kira-kira 60 peratus rakyat Malaysia. Kebanyakan hari suci umat Islam adalah hari cuti kebangsaan, termasuk akhir bulan Ramadhan, akhir haji, dan hari lahir Nabi Muhammad.[12] Islam dianggap telah dibawa ke Malaysia sekitar abad ke-12 oleh pedagang India.[39] Pada awal abad ke-15 Kesultanan Melaka, yang biasanya dianggap sebagai negeri bebas pertama di Semenanjung, telah diasaskan.[40] Dipimpin oleh penganut Islam pengaruh Malaka menyebabkan penyebaran Islam ke seluruh penduduk Melayu.[41]

Walaupun kebanyakan orang di Malaya adalah Muslim menjelang abad ke-15, bentuk Islam toleran yang dibawa oleh Sufi bermakna banyak amalan tradisional dimasukkan ke dalam tradisi Islam.[12] Islam secara amnya diamalkan secara meluas, walaupun dalam 20 tahun terakhir, pematuhan ketat terhadap amalan Islam telah meningkat.[12] Kod rasmi Islam di Malaysia adalah Sunni, dan amalan mana-mana bentuk Islam yang lain sangat terhad. Kerajaan menentang apa yang disebut ajaran "Sesat", memaksa mereka yang dianggap mengikuti ajaran ini untuk menjalani "pemulihan". Pada bulan Jun 2006, 56 ajaran sesat telah dikenal pasti oleh pihak berkuasa agama negeri tertentu, termasuk Syiah, meditasi transendental, dan ajaran Baha'i. Bagaimanapun, Jabatan Kemajuan Islam Malaysia kemudiannya menjelaskan bahawa Baha'i Faith telah salah mengisytiharkan cabang Islam yang menyimpang oleh salah seorang daripada pihak berkuasa agama negeri sebagai Muzakarah (Persidangan) ke-14 Jawatankuasa Fatwa Majlis Kebangsaan untuk Hal Ehwal Agama Islam Malaysia yang diadakan pada 22-23 Oktober 1985 memutuskan bahawa doktrin Baha'i bukan sebahagian daripada Islam dan agama diiktiraf oleh Jabatan Pendaftaran dan banci kebangsaan sebagai agama yang bebas.[42]

Pada Jun 2005 pihak berkuasa agama melaporkan bahawa terdapat kumpulan agama 22 "menyimpang" dengan sekitar 2,820 pengikut di Malaysia. Tiada statistik yang diberikan mengenai pemulihan, dan kerajaan secara aktif memantau kumpulan Syiah. Sekatan telah dikenakan ke atas Imam yang datang dari luar negara.[11]

Kerajaan Malaysia mempromosikan versi Sunni Islam yang moderat yang dipanggil Islam Hadhari. Islam Hadhari diperkenalkan oleh bekas Perdana Menteri Abdullah Ahmad Badawi. Ia bertujuan untuk menggalakkan pendekatan yang seimbang kepada kehidupan, dan menggalakkan inklusiviti, toleransi, dan melihat ke luar. Kualiti yang dimilikinya adalah pengetahuan, kerja keras, kejujuran, pentadbiran yang baik, dan kecekapan. Parti Islam PAS menghendaki tafsiran yang lebih ketat mengenai Islam dan menggalakkan undang-undang Islam. Oleh kerana Islam adalah agama negara, banyak masjid dan perkhidmatan agama lain disokong oleh kerajaan.[12] Kawalan masjid biasanya dilakukan di negeri dan bukan di peringkat persekutuan.[11] Cukai Zakat amal dikumpulkan oleh kerajaan, dan kerajaan menyokong mereka yang ingin menunaikan haji ke Mekah.[12] Pada tahun 1985 Kassim Ahmed menulis sebuah buku yang disebut Hadith: A Re-evaluation yang mempromosikan Quranisme, tetapi kemudiannya diharamkan oleh kerajaan Malaysia.[petikan diperlukan]

Mengikut Perkara 160 Perlembagaan Malaysia mesti menjadi Muslim untuk dipertimbangkan Melayu.[43] Dalam praktiknya, umat Islam tidak boleh menukar agama lain kerana mahkamah Syariah menafikan tuntutan penukaran,[11] dan jika seorang Melayu menukar agama mereka akan kehilangan status mereka sebagai bumiputera.[12] Orang-orang asal bukan Islam dikehendaki memeluk Islam jika mereka berkahwin dengan orang Islam. Sekolah-sekolah awam dikehendaki menawarkan pengajaran agama Islam, walaupun kelas etika alternatif diberikan kepada bukan Islam.[11] Ramai wanita memakai tudung, yang meliputi kepala tetapi meninggalkan wajah yang terdedah, walaupun tidak ada undang-undang yang memerlukan ini.[12] Polis Islam memantau penduduk Islam. Peraturan aktiviti seksual di kalangan penduduk Islam adalah ketat, dengan undang-undang yang melarang pasangan yang belum berkahwin menduduki kawasan yang terpencil atau ruang terkurung, untuk mencegah kecurigaan perbuatan dianggap tidak bermoral.[44]

Orang Islam wajib mengikuti keputusan mahkamah syariah dalam perkara-perkara yang berkaitan dengan agama mereka. Hakim Islam dijangka mengikuti sekolah hukum Shafi'i Islam, yang merupakan mazhab utama Malaysia.[45] Mahkamah-mahkamah ini mematuhi undang-undang syariah.[11] Bidang kuasa Mahkamah Syariah hanya terbatas kepada umat Islam dalam hal-hal seperti perkawinan, warisan, perceraian, kemurtadan, penukaran agama, dan hak asasi. Tiada kesalahan jenayah atau sivil yang lain di bawah bidang kuasa mahkamah Syariah, yang mempunyai hierarki yang sama dengan Mahkamah Sivil. Walaupun menjadi mahkamah tertinggi tanah, Mahkamah Sivil (termasuk Mahkamah Persekutuan) tidak mendengar perkara yang berkaitan dengan amalan Islam.[46] Kes-kes yang berkaitan dengan seorang Muslim dan bukan Islam biasanya dikendalikan oleh mahkamah sivil, walaupun dalam kes-kes seperti penjagaan kanak-kanak atau penyelesaian harta benda bukan Islam tidak mengatakan.[12]