Kira-kira 10% daripada penduduk Malaysia adalah Kristian, kebanyakannya bukan Melayu Bumiputera, termasuk juga beberapa kaum minoriti India Malaysia dan Malaysia. Denominasi yang paling umum ialah Anglika, Methodist, dan Roman Katolik. Kebanyakan orang Kristian ditemui di Malaysia Timur, di mana Good Friday adalah cuti umum di negeri Sabah dan Sarawak. Krismas adalah cuti kebangsaan, walaupun Easter bukanlah.[12]

Peniaga yang mempunyai hubungan dengan Kristian dari Timur Tengah tiba di Malaysia sekarang pada abad ke-7. Katolikisme dibawa oleh Portugis pada abad ke-15, diikuti oleh Protestan dengan Belanda pada tahun 1641. Ketika pengaruh Portugis merosot Protestantisme mula gerhana Katolik. Kekristenan terus menyebar melalui mubaligh yang datang semasa pemerintahan British pada abad ke-19 dan memperkenalkan agama Kristian ke Malaysia Timur.[56] Penukaran awal memberi tumpuan terutamanya kepada Negeri-negeri Selat. Apabila mubaligh mula menyebar ke semenanjung, mereka tidak digalakkan untuk menukar orang Melayu, dengan memberi tumpuan kepada imigran Cina dan India.[29]

Kekristianan menjadi terhad kerana Malaysia telah menjadi lebih Islam. Sekatan telah dibuat pada pembinaan gereja-gereja baru, walaupun ada yang dibenarkan untuk beroperasi. Orang Kristian tidak dibenarkan mencuba penukaran orang Islam dan kesusasteraan mereka mesti mempunyai nota yang mengatakan ia bukan untuk orang bukan Islam sahaja. Begitu juga, filem The Passion of the Christ hanya terhad kepada penonton Kristian.[12] In April 2005 dua orang Kristian ditangkap kerana mengedarkan bahan Kristian di hadapan sebuah masjid, walaupun tuduhan itu kemudiannya diturunkan. Sekatan penyebaran bahan Kristian bahasa Melayu jauh lebih ketat di Malaysia Timur berbanding di barat. Good Friday juga merupakan cuti rasmi di Malaysia Timur, walaupun bukan negara kebangsaan.[11]

Penggunaan perkataan Melayu "Allah" untuk Tuhan telah menyebabkan perselisihan di Malaysia, dengan Injil bahasa Melayu diharamkan kerana penggunaan perkataan ini.[12] Adalah diperkatakan bahawa kerana Alkitab boleh digunakan untuk menyebarkan agama selain daripada Islam, mereka menentang perlembagaan. Menteri-menteri lain menentang diskriminasi ini. Pada tahun 2005 Nazri Aziz cuba menguatkuasakan ini, walaupun sesetengah menteri beliau berpendapat bahasa kebangsaan boleh digunakan untuk apa-apa tujuan.[57] Alkitab dalam bahasa Iban pribumi dibenarkan, kerana bahasa itu tidak mempunyai kata ganti selain "Allah" untuk Tuhan.[12]