Ustaz Azizan diketahui menghidap penyakit kencing manis sejak sekian lama. Beliau juga pernah menjalani pembedahan pintasan jantung pada 2005.[4] Atas sebab itu, beliau terpaksa selalu ke hospital bagi menjalani pemeriksaan berkala dan mendapatkan rawatan, sehingga pernah mempengerusikan mesyuarat penting di hospital.[3]

Pada Ogos 2011, Ustaz Azizan dimasukkan ke Institut Jantung Negara (IJN) untuk membuat pemeriksaan perubatan berkala (susulan) pembedahan lalu. Beliau menjalani imbasan MRI (pengimejan resonans magnetik) dan rawatan menstabilkan tekanan darah tinggi di samping mengawal paras gula.[8][4]

Manakala pada 6 Mei 2013, beliau dimasukkan ke Pusat Perubatan Kedah selepas merasa sakit di kakinya. Beliau dipindahkan ke ICU di Hospital Pulau Pinang keesokan harinya, di mana kemudian beliau mengalami koma. Bagi mengelakkan jangkitan merebak, kedua-dua belah kaki beliau terpaksa dipotong di bawah lutut pada 9 Mei.[9]