BoBoiBoy Galaxy merupakan sebuah kisah tentang Power Sphera, robot-robot yang dicipta untuk memberikan kuasa hebat kepada pemiliknya. Namun, projek Power Sphera akhirnya dianggap sebagai projek yang berbahaya dan dibatalkan, dan banyak Power Sphera melarikan diri dan bersembunyi di serata pelusuk galaksi. Mengidamkan kuasa mereka, ramai mahkluk asing jahat cuba mencari dan menangkap Power Sphera untuk kepentingan mereka sendiri.

Untuk mengelakkan Power-Power Sphera daripada jatuh ke tangan yang salah, seorang wira muda dari Bumi, BoBoiBoy, dan kawan-kawannya ditugaskan untuk menjejaki dan melindungi Power Sphera yang bertaburan di seluruh galaksi dengan bantuan organisasi antara-galaksi, T.A.P.O.P.S.