Cathay Pacific ditubuhkan di Shanghai pada 24 September 1946 dan pelopornya ialah Roy Farrell dan Sydney de Kantzow. Kedua-dua mereka adalah bekas tentera udara yang biasa dengan kawasan Himalaya. Sebagai permulaan, Cathay Pacific menggunakan sebuah Douglas C-47 untuk menghubungkan Hong Kong dengan Sydney, Manila, Singapura, Shanghai dan Guangzhou. Pada tahun 1948, Butterfield & Swires menjadi pemegang saham minoriti dalam penerbangan ini dan kemudiannya berjaya menguasai 52% saham Cathay Pacific.

Melalui pembelian pesaingnya Hong Kong Airways pada tahuhn 1959, Cathay Pacific mula mengembangkan operasinya dan membeli Convair 880 pada tahun 1967. Operasi ke Jepun juga dimulakan pada tahun yang sama. Era 70-an dan 80-an menyaksikan perkembangan aviasi asia yang pesat sekaligus menyumbang kepada perkembangan Cathay Pacific. Krisis ekonomi Asia pada lewat 90-an dan serangan SARS memberi tamparan yang hebat kepada Cathay Pacific.