Lembu dibawa ke Jepun dari China pada masa yang sama dengan penanaman padi, kira-kira abad kedua M, padazaman Yayoi. [2]:209 Sehingga masa Pemulihan Meiji pada tahun 1868, mereka digunakan hanya sebagai haiwan kerja, pertanian, perhutanan, perlombongan dan pengangkutan, dan sebagai sumber baja. Penggunaan susu tidak diketahui, dan – atas sebab budaya dan agama – dagingnya tidak dimakan.[3][4]

Jepun secara efektif dipisahkan dari seluruh dunia dari 1635 hingga 1854; tidak ada kemungkinan untuk kacukan gen asing untuk populasi lembu pada masa ini. Antara 1868, tahun Pemulihan Meiji, dan 1887, kira-kira 2600 ekor lembu asing diimport, termasuk Braunvieh, Tanduk Pendek, dan Devon.[5] Antara tahun 1900 dan 1910, terdapat pengacukan silang yang meluas dengan ternakan jati. Dari tahun 1919, pelbagai populasi heterogen wilayah yang dihasilkan dari tempoh pengacukan silang yang singkat ini telah didaftarkan dan dipilih sebagai "Lembu Jepun yang Dipertingkatkan". Empat strain yang berasingan telah dicirikan, berdasarkan kebanyakan jenis lembu asing yang paling mempengaruhi kacukan, dan diiktiraf sebagai baka pada tahun 1944. Ini adalah empat keturunan wagyū, Hitam Jepun, Perang Jepun, Tanpa Tanduk Jepun dan Tanduk Pendek Jepun.[5] Tajima adalah keturunan Hitam Jepun, baka yang paling banyak (sekitar 90% daripada empat baka).[6][7]

Penggunaan daging lembu kekal rendah sehingga selepas Perang Dunia II. Daging lembu Kobe semakin popular dan memperluaskan jangkauannya pada tahun 1980-an dan 1990-an.[8]

Pada tahun 1983, Persatuan Pemasaran dan Promosi Pengagihan Daging Lembu Kobe dibentuk untuk menentukan dan mempromosikan tanda dagang Kobe. Ia menetapkan piawaian bagi haiwan untuk dilabel sebagai daging lembu Kobe.[9]