Dodo adalah burung yang tidak takut pada manusia, dan ditambah ketidakmampuannya untuk terbang, membuatnya menjadi mangsa yang mudah ditangkap.[12] Orang yang mendarat di Mauritius memakan burung ini. Namun, banyak jurnal melaporkan rasa dodo tidak enak dan dagingnya yang keras, sementara spesies tempatan lainnya seperti Rail Merah enak rasanya. [13] Manusia pertama yang mendatangi Mauritius membawa binatang baru, seperti anjing, babi, kucing, tikus dan kera pemakan kepiting yang menghancurkan sarang dodo, sementara manusia menghancurkan hutan tempat dodo tinggal.[14] Kini, dampak dari binatang-binatang itu — terutama babi dan kera — pada kepupusan dodo dianggap lebih berpengaruh dibanding pengaruh dari perburuan. Ekspedisi tahun 2005 menemukan banyak binatang yang mati akibat banjir. Kematian besar-besaran demikian semakin menyulitkan bagi spesies yang sudah terancam punah.[15]

Walaupun banyak laporan tentang pembunuhan besar-besaran dodo untuk bekal makanan dalam kapal, penemuan arkeologi sampai sekarang kurang mendapatkan bukti dari adanya manusia yang memangsa burung ini. Tulang belulang dari setidaknya dua dodo ditemukan dalam gua di Baie du Cap yang digunakan sebagai tempat berlindung buronan budak dan narapidana dalam abad ke-17, tapi kerana tempat itu terpencil akibat ketinggiannya, daerah itu sukar dicapai oleh dodo.[16]

Ada kontroversi seputar waktu kepunahan dodo. Robert dan Solow menyatakan bahawa "kepupusan" Dodo adalah saat terlihat terakhir tahun 1662, seperti dilaporkan oleh pelaut Volkert Evertsz" (Evertszoon), tetapi banyak sumber lainnya menduga hal itu terjadi pada tahun 1681. Robert dan Solow menunjukkan bahawa kerana dodo terlihat terakhir sebelum 1662 adalah di tahun 1638, dodo kemungkinan sudah sangat jarang di tahun 1660-an.[17] Analisis statistik tentang catatan perburuan Issac Johannes Lamotius memberikan perkiraan baru tahun 1693, dengan tingkat kepercayaan 95% dari 1688 sampai 1715. Mempertimbangkan bukti-bukti lain seperti laporan pelancong dan tidak adanya laporan yang baik setelah 1689,[16] sepertinya Dodo punah sebelum tahun 1700; sehingga, Dodo terakhir mati hanya satu abad lebih sedikit setelah penemuan spesies itu tahun 1581.[18]

Hanya sedikit orang yang memperhatikan burung yang punah ini. Pada awal abad ke-19, burung ini dianggap sebagai makhluk yang aneh dan banyak yang menganggapnya hanya mitos. Dengan penemuan serangkaian tulang dodo di Mare aux Songes dan laporan yang dibuat oleh George Clark mulai tahun 1865, minat terhadap burung ini mulai bertambah. Dalam tahun yang sama dengan dimulainya penerbitan laporan Clarke, burung yang baru punah ini dijadikan salah satu watak dalam cerita Alice's Adventures in Wonderland hasil karya Lewis Carroll.[19] Dengan popularnya buku tersebut, dodo jadi banyak diketahui dan mudah dikenali sebagai ikon dari kepupusan akibat kerakusan pelaut indonesia yang kuat makan serta sering kelaparan sehingga abad ini merantau ke negeri orang untuk menyimpan duit yang banyak hanya untuk membeli makanan.