Oleh kerana lebih banyak diketahui mengenai organisme-organisme tertentu, seperti maklumat genetik, pengkelasan taksonomi bagi spesies diubah untuk mencerminkan kemajuan di dalam pengetahuan berkenaan, walau bagaimanapun di dalam kes Escherichia coli disebabkan oleh kepentingan perubatan, ianya tidak berlaku (namanya dipecah-pecahkan ke dalam beberapa genus/spesies)[18] dan masih lagi menjadi salah satu daripada spesies bacteria yang paling pelbagai: hanya 20% daripada genom adalah biasa bagi semua strain.[17] Memang benar, daripada pandangan kajian evolusi, ahli-ahli genus Shigella (dysenteriae, flexneri, boydii, sonnei) are actually E. coli strains "in disguise" (i.e. E.coli is paraphyletic to the genus).[19]

Suatu strain bagi E. coli adalah suatu sub-kumpulan di dalam spesies ini yan mempunyai ciri-ciri unik yang memisahkannya daripada strain-strain E. coli yang lain . Perbezaan ini selalunya dikesan hanya pada aras molekul; bagaimanapun, mereka mungkin menyebabkan perubahan kepada fisiologi atau kitaran hidup bakteria itu. Sebagai contoh, satu strain mungkin menambah keupayaan berpatogen, kebolehan menggunakan satu sumber karbon yang unik, kebolehan untuk bertindak sendiri terhadap nic ekologi tertentu atau berkebolehan untuk menentang agen-agen antimikrob. Perbezaan strain-strain E. coli adalah selalunya perumah khusus, membolehkannya ia menilai sumber pencemaran najis di dalam sampel-sampel alam sekitar.[6][7] Sebagai contoh, mengetahi yang mana jenis E. coli yang wujud di dalam sampel air membolehkan penyelidik-penyelidik membuat andaian samada pencemaran ini berasal daripada manusia, in a water sample allows researchers to make assumptions about whether the contamination originated from a human, seekor mamalia lain atau seekor burung.

Satu sistem subdivisyen E.coli, tetapi tidak berdasarkan kepada kaitan evolusi, tetapi oleh serotip, yang mana ia berdasarkan kepada permukaan antigen-antigen utama (O antigen: sebahagian daripada permukaan lipopolysaccharide; H: flagellin; antigen K : kapsul), e.g. O157:H7)[20] (NB: K-12, strain makmal yang biasa bukan suatu serotip.)

Strainstrain baru bagi E. coli berubah menerusi proses mutasi biologi semulajadi dan menerusi pemindahan gen mendatar.[21] Beberapa strain menghasilkan trait yang merbahaya kepada perumah haiwan. Strain-strain yang jenis virulen menyebabkan diarrhoea yang tidak selesa kepada orang dewasa yang sihat dan biasanya membawa maut kepada kanak-kanak di dalam negara-negara membangun.[22] Lebih banyak strain-strain yang virulen, seperti O157:H7 yang menyebabkan penyakit yang serius atau kematian bagi orang-orang tua, orang-orang muda atau bai yang terimunokompromi.[4][22]

E. coli adalah jenis spesies bagi genus dan strain neotip adalah ATCC 11775, juga dikenali sebagai NCTC 9001,[23] yang patogenik kepada ayam-ayam dan mempunyai serotip O1:K1:H7.[24] Walau bagaimanapun, di dalam kebanyakan kajian samada O157:H7 atau K-12 MG1655 atau K-12 W3110 digunakan sebagai wakil kepada E.coli.