Memang ternyata bahawa Gaṇapati yang dirujuk dalam ayat-ayat popular Ṛgveda, 'gaṇānām tvā gaṇapatim havāmahe...' (2.23.1) dan 'niṣu sīda gaṇapate...' (10.112.9) dan Gaṇapati yang kini disembah ialah dua dewa yang berlainan. Namun, semua cendikiawan yang liberal bersetuju bahawa asas konsep Gaṇapati telah berada dalam Ṛgveda sendiri. Dalam kurun-kurun berikutnya, konsep ini telah melalui pelbagai perubahan dan perkembangan daripada epik dan Purāṇa untuk membentuk Gaṇapati yang wujud pada hari ini. Dalam semua masyarakat, perkembangan konsep Tuhan dan cara penyembahan-Nya telah dibentuk oleh faktor-faktor geografi, sejarah, kebudayaan serta pengalaman mistik dan kesedaran rohani orang-orang alim. Memang munasabah bahawa 'Gaṇapati-Brahmaṇaspati' dalam Ṛgveda telah secara beransur-ansur menjadi dewa 'Gajavadana-Gaṇeśa-Vighneśvara.'
Walaupun Gaṇapati amat disanjung tinggi dan dianggap penting, rupa-Nya yang pelik memang membingungkan. Bagi menjawab misteri kepala gajah-Nya, beberapa Purāṇa telah mengemukakan pelbagai cerita yang menarik. Antaranya ialah:
Atas permintaan dewa-dewi untuk mendapatkan seorang Dewa yang dapat menghapuskan segala halangan untuk mencapai matlamat dan impian mereka, Mahādeva Śiva telah lahir kepada Pārvati sebagai Gajānana.
Pada suatu ketika, secara main-main, Pārvati membuat sebuah patung kanak-kanak dengan kepala gajah menggunakan serbuk mandian yang disapukan pada badan-Nya. Kemudian, Dewi membuang patung itu ke dalam sungai Gaṅgā. Patung itu menjadi 'hidup'. Kedua-dua Dewi Gaṅgā dan Pārvati memanggil budak itu sebagai anak mereka. Oleh itu, Gaṇapati juga dikenali sebagai Dvaimātura, 'seorang yang mempunyai dua orang ibu'.
Pārvati membuat patung seorang kanak-kanak dengan daki badan-Nya, dan meniupkan nyawa ke dalamnya. Kemudian, Pārvati mengarahkan budak itu untuk menjaga pintu rumah-Nya. Apabila Śiva ingin memasuki rumah itu, penjaga pintu baru itu menghalang-Nya. Śiva menjadi murka dan memenggal kepala budak itu. Apabila Pārvati mendapat tahu tentang trajedi yang berlaku, Dewi menjadi amat sedih. Sementara itu, seseorang telah memakan kepala budak itu. Bagi membetulkan 'kesalahan-Nya', Śiva mendapatkan kepala gajah dan memasangnya pada jasad budak itu dan menghidupkannya. Kemudian, Śiva melantik anak-Nya sebagai ketua kumpulan Gaṇa. Demikian anak Siva mendapat nama 'Gaṇapati'.
Gaṇapati muncul daripada keserian rupa Śiva yang menggambarkan prinsip angkasa atau ākāśatattva. Ketampanan dan keseriannya yang memikat hati memurkakan Pārvati. Pārvati menyumpahnya, menyebabkan rupa-Nya menjadi hodoh.
