KRU Studios bekerjsama dengan Orkestra Filharmonik Malaysia (MPO) untuk menghasilkan skor muzik filem ini, yang mana proses rakaman yang memakan masa tiga hari berturut-turut (23–25 Mac 2010) di bawah pimpinan pengarah muzik Claus Peter Flor, diiringi 105 pemuzik pakar, mendendangkan skor asli ciptaan bakat komposer muda seperti Reza Ramsey dan Yudi Ashady, yang disusun semula oleh Ahmad Muriz Che Rose dan Vivian Chua.[31] Bukan sahaja menandakan kali pertama MPO menerbit dan merakam bersama skor muzik filem Malaysia[7]; malah jelas Penerbit Teknikal, Edry Abdul Halim, bahawa Hikayat Merong Mahawangsa merupakan filem Melayu pertama yang menampilkan muzik skor penuh untuk keseluruhan jalan cerita filem ini sewaktu tayangannya.[32] Anuar Zain tampil sebagai penyanyi lagu tema filem Hikayat Merong Mahawangsa, iaitu "Sedetik Lebih" yang digubah oleh Edry Abdul Halim dalam versi bahasa Melayu dan Inggeris.[33]