Iwan kini cukup bahagia dengan perkahwinan ketiganya bersama Evie Surriyanti, yang dinikahi 20 Februari 2009. Wanita yang berasal dari Permatang Siantar, Medan, Indonesia itu telah banyak menyokong perubahan niat barunya untuk beralih ke muzik nasyid. Rumah tangga mereka diserikan dengan kehadiran permata hati, Wan Nur Sumayyah (lahir 2009). [9]

Iwan yang pernah berkahwin dengan Rosnah Mohd Noor selama lapan tahun (perkahwinan pertama), dikurniakan tiga cahaya mata. Yang sulung, Wan Ramada Agus Putra (1989), seorang graduan dari salah sebuah universiti di Australia, Wan Syamira Putri Octovia (1991), dan yang bongsu, Wan Syahera Putri Aprena, (1993). Sementara itu, Iwan dan Rafidah (perkahwinan kedua) pula sebaliknya mempunyai seorang anak angkat bernama Nursyafiqah Emisya (2002).[10]. Pada tahun 2011, Iwan menerima menantu apabila anak gadisnya Wan Syamira Putri Octavia berkahwin dengan jejaka pilihannya, Mohd. Izat Abdul Rahman di rumah Rosnah di Taman Putra Perdana, Puchong.