Dr. Juanda merupakan pegawai agama S48 secara kontrak dan juga bekas Penolong Pengarah Bahagian Dakwah Jabatan Agama Islam Sarawak. Beliau mulanya berkhidmat dengan HIKMAH kemudiannya dengan Jabatan Agama Islam Sarawak (JAIS) dengan jawatan Pegawai Hal Ehwal Islam S41. Kemudian beliau meletak jawatan S41 di JAIS untuk mengambil satu lagi jawatan yang lebih tinggi iaitu S48 secara kontrak dengan JAIS. Beliau dipinjamkan ke Pejabat Mufti, tetapi beliau BUKAN TIMBALAN MUFTI kerana jawatan timbalan mufti tidak wujud. Pada 27 Januari 2009, beliau dilantik menjadi Mufti Perlis menggantikan Dr. Mohd. Asri Zainul Abidin yang menamatkan kontraknya pada 11 November 2008, menamatkan spekulasi 'kerusi' Mufti Perlis selepas kosong hampir dua bulan.Menurut Menteri Besar Perlis, Datuk Seri Dr. Md Isa Sabu, Dr. Juanda dipinjamkan oleh kerajaan Sarawak bagi memenuhi kekosongan jawatan Mufti Perlis bagi tempoh dua tahun.[7]. Akan tetapi menurut Dr. Juanda sendiri, Kerajaan Sarawak membenarkan beliau berkhidmat di Perlis selama tiga tahun iaitu sehingga Februari 2012.[8]

Bercuti panjang

Beliau akan bercuti panjang bermula pada 1 Oktober 2009 untuk "menjalankan penyelidikan akademik" di sebuah universiti terkemuka di luar negara [9] selama sepuluh bulan sahaja.[10] Desas desus berakhir apabila pada 1 Oktober 2009, beliau mula bercuti pada 30 September 2009 kerana akan menduduki kerusi 'Sarjana Tamu' di Universiti Oxford selama 10 bulan, mulai 5 Oktober 2009 telah diperkenan oleh Raja Perlis selaku ketua agama negeri Perlis.[11]