Asal pokok kelapa telah menjadi perbahasan dengan sesetengah pihak berkuasa mendakwa bahawa ia berasal dari semenanjung Asia Tenggara sementara yang lain pula mendakwa bahawa ia berasal di barat laut Amerika Selatan.

Rekod fosil di New Zealand menunjukkan pokok kecil seperti kelapa tumbuh di situ semenjak 15 juta tahun dahulu. Fosil yang lebih tua telah dijumpai di Rajasthan, India. Walau dari manapun asal pokok kelapa, ia telah tersebar disebahagian besar kawasan tropika, terutamanya sepanjang persisiran pantai. Oleh kerana buah kelapa ringan dan timbul, pokok kelapa mudah tersebar oleh arus laut yang mampu membawa buah kelapa pada jarak yang jauh. Pokok kelapa hidup subur di tanah berpasir, paya dengan banyak cahaya matahari dan hujan yang tetap (75-100 cm setahun), yang menjadikan koloni di pantai agak mudah. Buah yang dikumpulkan dari laut jauh ke utara seperti Norway telah di dapati masih utuh dan mampu tumbuh setelah diberikan keadaan yang sesuai. Bagaimanapun di Kepulauan Hawaii, pokok kelapa dianggap diperkenalkan oleh orang Polinesia, pertama diperkenalkan ke kepulauan oleh pelayar Polinesia dari tanah asal mereka di Pasifik Selatan.