Kolej ini ditubuhkan pada tahun 1374H/1955M menggunakan nama Kolej Islam Malaya (KIM). Kolej Islam ditubuhkan hasil desakan masyarakat Melayu yang mahukan sebuah pusat pengajian agama moden didirikan untuk menjadi pusat pendidikan secara formal bagi anak-anak Melayu bagi mengimbangi bilangan sekolah-sekolah vernakular di Tanah Melayu. Professor Zulkifli Muhammad merupakan antara orang yang bertanggungjawab berkempen ke seluruh negara menggagaskan idea penubuhan Kolej Islam Malaya dengan harapan untuk mewujudkan sebuah pusat pengajian Islam moden yang mampu membersihkan umat Islam daripada gejala jahiliah. Kutipan dana di bawah nama Dana Waqaf KIM telah dilancarkan di seluruh Tanah Melayu. Ia didirikan di atas sebidang tanah seluas kira-kira 14.3 ekar yang terletak di Jalan Kota Raja, iaitu kira-kira satu setengah kilometer dari bandar Klang.

Ralat: Tiada teks diberikan untuk petikan (atau sama dengan tanda yang digunakan dalam hujah sebenar kepada parameter yang tidak dinamakan)

Sultan Hisamuddin Alam Shah Al-Haj ibni Almarhum Sultan Alaeddin Sulaiman Shah telah mewakafkan Istana Jemaah untuk menjadi tapak rasmi Kolej Islam Malaya. Kolej Islam Malaya telah dirasmikan oleh baginda Sultan Selangor pada ketika itu menerusi sebuah adat istiadat gilang-gemilang yang diadakan selepas solat Jumaat pada petang 8 April 1955. Baginda amat berharap agar kolej ini dapat melahirkan para ulama' yang bertakwa kepada Allah dan seterusnya menerangi masyarakat Malaysia ini dengan roh-roh Islam serta dapat menghapuskan segala bentuk kekufuran dan jahiliah yang ada.

Kolej Islam Malaya pada awal penubuhannya telah menerima kemasukan pelajar hampir 50 orang dari Tanah Melayu, Sabah, Sarawak dan Brunei. Tenaga pengajar Kolej Islam Malaya pada ketika itu terdiri daripada tokoh-tokoh intelektual Tanah Melayu seperti Professor Zulkifli Muhammad yang turut memegang jawatan selaku Setiausaha Kehormat KIM. Beberapa orang tenaga pengajar juga terdiri daripada pensyarah-pensyarah Universiti al-Azhar, Mesir. Kursus Sijil Tertinggi Kolej (STK) yang ditawarkan di Kolej Islam Malaya pada ketika itu mendapat pengiktirafan daripada Universiti al-Azhar, Mesir.

Pada tahun 1386H/1966 M, Kursus Sijil Tertinggi Kolej Islam Malaya telah dipindahkan ke bangunan yang baru di Petaling Jaya (kini Pusat Pengajian Persediaan Universiti Islam Antarabangsa Malaysia) dan seterusnya ke Bangi menjadi Fakulti Pengajian Islam Universiti Kebangsaan Malaysia. Namun begitu, kursus persediaannya masih lagi dilaksanakan di Klang.

Pada tahun 1967, Kolej ini diambil alih oleh Kementerian Pelajaran Malaysia dan dibangunkan sebagai sebuah Sekolah Menengah Tinggi Agama Bantuan Penuh Kerajaan yang diberi nama Kolej Islam Kelang. Akhirnya pada tahun 1972, ia telah diangkat menjadi Sekolah Berasrama Penuh lengkap dengan pelbagai kemudahan sehingga ke hari ini.

Kemudian pada 1989, Kolej Islam Kelang telah ditukar nama kepada Kolej Islam Sultan Alam Shah oleh Sultan Salahuddin Abdul Aziz Shah Alhaj ibni Almarhum Sultan Hisamuddin Alam Shah, Sultan Selangor Darul Ehsan pada masa itu. Sehingga kini, bangunan bekas istana sultan tersebut masih dikekalkan.

Kolej Islam Sultan Alam Shah telah menerima pengiktirafan Sekolah Kluster Kecemerlangan fasa pertama pada tahun 2007. Pengiktirafan fasa pertama ini telah meletakkan KISAS sebaris dengan beberapa sekolah cemerlang. Pada tahun 2010, Kolej Islam Sultan Alam Shah telah diiktiraf sebagai Sekolah Berprestasi Tinggi kohort pertama setelah berjaya mengekalkan kecemerlangan akademik serta kokurikulum.

Pada tahun 2012, Yang Amat Berhormat Datuk Seri Mohd Najib bin Abdul Razak, Perdana Menteri Malaysia yang keenam telah membuat lawatan rasmi ke Kolej Islam Sultan Alam Shah bersempena Majlis Jasamu Dikenang yang diadakan bertujuan untuk memperingati jasa dan bakti Allahyarham Nik Mohd Mohyideen Wan Musa, mantan Pengetua Kolej Islam Klang. Dalam lawatan rasminya, YAB Datuk Seri Mohd Najib telah mengumumkan beberapa insentif yang bakal diberikan kepada KISAS termasuklah penambahan lebih seribu buah bahan bacaan di Perpustakaan Kolej Islam Sultan Alam Shah (Perkisas).