Pada tahun 1882, Selim-Girei Tevkelev yang dilantik sebagai Mufti Orenburg pada tahun 1865, mendapat bantuan dan persetujuan menteri Count Tolstoy untuk pembinaan sebuah masjid di St Petersburg.[1] Pada tahun 1906, Menteri menubuhkan jawatankuasa khas yang diketuai Ahun Ataulla Bayazitov untuk mengutip 750 000 rubel dalam tempoh 10 tahun bagi pembinaan masjid. Mereka mengadakan kutipan di bandar-bandar dan provinsi-provinsi Rusia dan menerima wang derma daripada banyak penaja.[1] Tambahan lagi, jawatankuasa mendapat sekuriti bernilai 142,000 rubel dan juga setem bagi projek masjid. Penderma utama ialah Said Abdoul Ahad, Amir Bukhara yang membiaya kos pembinaan.

Lokasi masjid amat simbolik, kerana ia terletak bertentangan dengan Kota Kubu Peter dan Paul di pusat bandar. Kebenaran untuk membeli tapak diberikan Maharaja Nicholas II di Peterhof pada 3 Julai 1907. Pada musim luruh tahun itu, jawatankuasa mempersetujui projek oelh ahli senibina Nikolai Vasilyev, jurutera Stepan Krichinskiy, dan pembinaan diselia oleh ahli akademik Alexander von Gogen. Muka bangunan dibuat dengan menggabungkan perhiasan oriental dan mosek biru firus.

Upacara peletakan batu bata disempurnakan Ahun Bayatizov pada 3 Februari 1910, dengan dihadiri pegawai kerajaan dan tokoh-tokoh agama dam masyarakat. Antara yang hadir Amir Buharskiy, Harusin, Novikov, para duta dari Turki dan Parsi (sekarang Iran), Sultanov, Mufti Orenburg, dan Tevkelev, ketua parti Muslim di dalam Duma.

Dinding masjid dibuat daripada granit kelabu semara kubah dan kedua-dua menara dilitup dengan mozek seramik berwarna biru muda. Tukang-tukang mahir dari Asia Tengah mengambil bahagian dalam pembinaan masjid. Muka bangunan dihiasi ayat-ayat al-Quran bersenikan khat. Tiang-tiang dalaman dibuat daripada marmar hijau. Jemaah wanita disediakan ruang solat di aras satu, di atas bahagian barat dewan. Masjid juga dilitup dengan tikar permaidani yang dibuat khas oleh tukang permaidani dari Asia Tengah.

Pada tahun 1940 pihak berkuasa Soviet melarang perkhidmatan dan menukar bangunan ini ke dalam sebuah gudang peralatan perubatan; namun ia dikembalikan dan dipulihkan kepada keadaan asal atas permintaan Presiden Indonesia, Soekarno, sepuluh hari selepas lawatannya ke bandar ini; masjid ini dipulangkan pemilikannya kepada masyarakat Islam St. Petersburg pada tahun 1956.[1] Kerja-kerja pemuliharaan dibuat pada tahun 1980.