Kelab ini telah berada dalam prestasi terumbang-ambing sejak Liga Perdana Malaysia diberkenalkan pada tahun 2004 di mana Melaka United bermain untuk tiga musim dan telah dinaikkan ke liga utama Liga Super Malaysia sebelum diturunkan liga semula dalam musim pertamanya. Setelah itu, pasukan ini meneruskan cabaran dengan berjuang dari penyingkiran dalam Liga Perdana Malaysia untuk tiga musim berikutnya sebelum tumpas dan disingkirkan pada tahun 2010 ke liga tahap tiga Liga FAM Malaysia di mana pasukan ini secara konsisten beraksi untuk lima tahun berturut-turut sebelum berjaya untuk kembali semula ke Liga Perdana Malaysia pada tahun 2016 setelah menjadi juara Liga FAM Malaysia 2015.

Sebelum menjuarai Liga FAM pada tahun 2015, pasukan ini telah berada dalam situasi kehausan kejuaraan untuk 32 tahun di mana kali terakhir pasukan ini menjuarai liga tahap utama Malaysia adalah pada tahun 1983 di mana mereka menjuari Liga Perdana 1[4][5].