Dari mulanya, Nupedia memang merupakan sebuah ensiklopedia kandungan bebas. Projek itu menggunakan lesen yang dicipta sendiri, iaitu Lesen Kandungan Terbuka Nupedia. Pada Januari 2001, Nupedia bertukar kepada Lesen Dokumentasi GNU selepas didesak oleh Richard Stallman dan Yayasan Perisian Bebas. Bagaimanapun, Stallman juga memulakan projek GNUPedia pada waktu yang sama, dan ini menyebabkan keraguan tentang persaingan yang mungkin tertimbul antara kedua-dua projek itu. Walaupun Nupedia menggunakan lesen kandungan percuma, satu persoalan yang meragukan penyerta-penyerta GNUpedia adalah bahawa penilaian setara yang luas menentangi kebudayaan dan falsafah gerakan perisian bebas.

Pada waktu yang sama, Nupedia memulakan Wikipedia sebagai projek sampingan untuk membenarkan penulisan rencana-rencana usaha sama sebelum rencana-rencana itu diserahkan kepada Nupedia untuk proses penilaian setara. Ini menarik minat daripada kedua-dua pihak kerana struktur ini yang bersifat kurang birokratik amat disukai oleh penyokong-penyokong GNUPedia. Oleh itu, GNUPedia tidak pernah benar-benar berkembang, dan ancaman pesaingan antara kedua-dua projek dapat dielakkan. Walaupun Sanger adalah orang yang mengetuai kegiatan Wikipedia pada permulaannya (disebabkan jawatannya sebagai ketua penyunting Nupedia), Wikipedia bertumbuh dan menarik penyumbang-penyumbang sehingga mengembangkan nyawa tersendiri dan bermula hidup berasingan daripada Nupedia.

Selain daripada menyebabkan penamatan projek GNUPedia, Wikipedia juga menyebabkan penutupan Nupedia beransur-ansur. Bomis memutuskan untuk menamatkan pembiayaan ketua penyunting bergajinya pada Februari 2002, dan Sanger meletakkan jawatannya untuk kedua-dua projek tidak lama kemudian. Selepas pemergiannya, Nupedia semakin merupakan tambahan untuk Wikipedia (cuma terdapatnya dua buah rencana sahaja yang selesai proses penilaiannya selepas 2001). Semasa Nupedia semakin merosot, gagasan untuk menukarkannya menjadi sebuah ensiklopedia versi stabil bagi rencana-rencana Wikipedia yang telah diluluskan kekadangnya dikemukakan, tetapi tidak pernah dilaksanakan. Tapak web Nupedia ditutup pada 26 September 2003 dan kandungannya yang tidak banyak itu digabungkan dengan Wikipedia.