Patogen [pa-to-gén] (daripada akar Bahasa Yunani: πάθος pathos "penderitaan, semangat" dan -γενής -genēs "penghasil") dalam konteks biologi merujuk kepada apa sahaja benda yang boleh menyebabkan penyakit; istilah ini mula digunakan pada tahun 1880-an. Istilah ini biasanya digunakan untuk menggambarkan agen berjangkit seperti virus, bakterium, protozoa, prion, kulat, atau mikroorganisma yang lain.[1][2]Terdapat beberapa substrat termasuk laluan di mana patogen boleh menyerang perumah. Laluan-laluan utama ini mempunyai jangka masa yang berbeza, dengan pencemaran tanah mempunyai keupayaan membawa patogen paling lama atau paling bertahan. Penyakit yang disebabkan oleh organisme pada manusia yang dikenali sebagai penyakit berpatogen.