Selepas Putera Mongol Köden menguasai rantau Kokonor pada tahun 1239, beliau menghantar panglimanya Doorda Darqan menjalani misi tinjauan ke Tibet pada tahun 1240. Dalam penjelajahan ini biara-biara Rwa-sgreng dan Rgyal-lha-khang di Kadampa dibakar, mengorbankan 500 nyawa. Kematian Qaghan Mongol Ögödei pada tahun 1241 menyebabkan kegiatan tentera Mongol di seluruh dunia terbantut seketika. Kepentingan Mongol di Tibet pulih pada tahun 1244 apabila Köden menghantar undangkan kepada ketua taifah Sakya untuk ke ibu negerinya dan menyerahkan Tibet kepada Mongol secara rasmi. Ketua Sakya tiba di Kokonor dengan dua anak saudaranya Drogön Chögyal Phagpa ('Phags-pa; 1235-80) dan Chana Dorje (Phyag-na Rdo-rje) (1239-67) pada tahun 1246. Peristiwa ini menandakan pemasukan Tibet ke dalam Empayar Mongol.

Menjelang awal abad ke-18, kerajaan maharaja Manchu di bawah Dinasti Qing menghantar beberapa orang pesuruhjaya residen (amban) ke Lhasa. Pada tahun 1759, puak-puak Tibet memberontak pada tahun 1759 lalu membunuh pesuruhjaya-pesuruhjaya itu setelah kerajaan pusat memutuskan agar bilangan askar dikurangkan kepada lebih kurang 100 orang. Tentera Qing membalas dengan menewaskan para pemberontak lalu melantik semula pesuruhjaya residen. Bilangan askar di Tibet dikekalkan pada takat 2,000 orang. Tugas-tugas pertahanan dibantu oleh sebuah angkatan tempatan yang disusun semula oleh pesuruhjaya residen, dan kerajaan Tibet terus menguruskan hal-ehwal seharian seperti dahulu.

Pada tahun 1904, sebuah misi diplomatik British yang diiringi konvoi tentera besar memasuki Lhasa secara paksa. Ketua misi diplomatik ini bernam Kolonel Francis Younghusband. Tujuan utama misi British ini gara-gara khuatir bahawa Rusia sedang melangkah kuasanya ke Tibet dan mungkin sekali menghulurkan bantuan ketenteraan kepada kerajaan Tibet, tetapi kekhuatiran ini rupanya tidak berasas. Namun dalam perjalanan ke Lhasa, Younghusband membunuh 1,300 orang Tibet di Gyangzê (seperti yang dicatat dalam "The Great Game" Peter Hopkirk), kerana orang setempat menggeruni apa-apa bentuk perjanjian berat sebelah yang bakal ditawarkan oleh British kepada orang Tibet. Ada beberapa catatan yang mendakwa 5,000 orang Tibet dibunuh oleh tentera British.

Konvensyen Inggeris-Cina 1906 mengiktiraf kedaulatan China terhadap Tibet [Smith (1996), p. 162] dan Konvensyen Inggeris-Rusia 1907, tanpa perakuan Beijing, mengiktiraf pertuanan China terhadap Thibet [Goldstein (1989), p. 830]. Kerajaan pusat Qing mengasaskan pemerintahan langsung terhadap Tibet pada tahun 1910. Dalai Lama ke-13 melarikan diri ke India British pada bulan Februari 1910. Pada bulan yang sama, kerajaan China mengeluarkan pengisytiharan yang menggulingkan Dalai Lama serta menghasut pencarian untuk jelmaan baru [Smith (1996), p. 175].

Peletusan Perang Dunia I dan perang saudara di China menyebabkan kuasa-kuasa Barat dan puak-puak China yang saling berbalahan hilang minat terhadap Tibet, maka Dalai Lama ke-13 memerintah tanpa gangguan. Pada masa yang sama, kerajaan Tibet menguasai seluruh Ü-Tsang (Dbus-gtsang) dan Kham (Khams) Barat, lebih kurang bersamaan dengan sempadan Wilayah Autonomi Tibet kini. Kham Timur yang dipisahkan oleh Sungai Yangtze dikuasai hulubalang China Liu Wenhui. Keadaan Amdo (Qinghai) lebih rumit, kerana kawasan Xining yang dikuasai hulubalang etnik Hui Ma Bufang sering berusaha meluaskan kuasa terhadap seluruh Amdo.

Pada tahun 1950, Tentera Pembebasan Rakyat Republik Rakyat China memasuki Tibet, selepas mengambila alih seluruh China dari Republik China setelah lima tahun perang saudara. Pada tahun 1951, Rancangan Pembebasan Damai Tibet, satu perjanjian yang dimeterai wakil-wakil Dalai Lama dan Panchen Lama, membenarkan pemerintahan oleh pentadbiran bersama di bawah wakil-wakil kerajaan pusat dan kerajaan Tibet. Kebanyakan penduduk Tibet pada masa itu bertaraf hamba yang diikat dengan tanah milik lama. Apa jua sekalipun cubaan pembaharuan tanah atau pengagihan semula kekayaan mungkin tidak disambut baik oleh para tuan tanah. Perjanjian ini mula-mulanya dikuatkuasakan di kawasan Tibet. Namun begitu, Kham Timur dan Amdo berada di luar pentadbiran kerajaan Tibet, maka dilayan seperti mana wilayah-wilayah China yang lain dan mnyaksikan pembaharuan tanah dilaksanakan sepenuhnya. Oleh itu, tercetusnya pemberontakan di kawasan-kawasan ini pada tahun 1956 yang akhirnya merebak ke Lhasa, sebelum ditumpaskan pada tahun 1959. Dalai Lama ke-14 dan ketua-ketua kerajaan lain melarikan diri ke India.