Sebelum kedatangan Christopher Columbus pada Disember 1492, puak Taino menduduki pulau yang mereka panggil Quisqueya (ibu segala tanah) dan Ayiti (tanah gunung tinggi) yang Colombus namakannya sebagai Hispaniola. Pulau tersebut termasuk bahagian terletaknya Republik Haiti. Pada waktu itu terdapat lima kerajaan kecil (cacicazgos) iaitu Marién, Maguá, Maguana, Jaragua dan Higüey. Setiap kerajaan kecil tersebut diperintah oleh orang besar (caciques) Guacanagarix, Guarionex, Caonabo, Bohechío dan Cayacoa.

Pada tahun 1496, apabila Sepanyol menduduki kawasan itu dan secara rasminya pada 5 Ogos 1498, Santo Domingo adalah kota terttua di benua Amerika. Bartholomew Columbus telah mengasaskan sebuah penempatan dan menamakannya sebagai La Nueva Isabela, selepas penempatan yang lebih awal di utara iaitu La Isabela dinamakan sempena nama Ratu Sepanyol, Ratu Isabella I. Kemudian penempatan itu ditukar nama kepada Santo Domingo sebagai penghormatan kepada Santo Dominic yang merupakan patron Domenico Colombo, bapa kepada Columbus.[4] Santo Domingo ketika itu digelar "Gerbang ke Caribbean".

Santo Domingo pernah dimusnahkan oleh bencana taufan pada tahun 1502. Gabenor baharu ketika itu, Nicolas de Ovando telah membina semula kota itu di tapak lain yang berdekatan. Susun atur asal kota tersebut dan sebahagian besar dinding pertahanan di zon kolonial masih lagi wujud. Zon kolonial bersempadan dengan Rio Ozama dimana terdapatnya koleksi bangunan-bangunan abad ke-16 termasuk rumah-rumah mewah dan gereja megah yang mencerminkan gaya senibina Zaman Pertengahan. Pertubuhan Pendidikan, Sains dan Kebudayaan Pertubuhan Bangsa-bangsa Bersatu (UNESCO) telah mengisytiharkan kawasan tersebut sebagai Tapak Warisan Dunia.