Istilah bakufu pada asalnya bererti rumah kediaman shogun, tetapi pada masa ia digunakan secara umum bagi maksud sistem kerajaan bagi pemerintahan diktator ketenteraan feudal, dijalankan atas nama shogun; dan ini adalah makna yang diterima masuk ke dalam bahasa Inggeris melalui istilah "keshogunan".

Sistem keshogunan pada asalnya ditubuhkan di bawah keshogunan Kamakura oleh Minamoto no Yoritomo. Walaupun secara teorinya adalah negara, dan dengan itu maharaja memegang pemilikan ke atas seluruh negara Jepun, sistem tersebut mempunyai beberapa unsur feudal, dengan tuan-tuan wilayah yang lebih rendah pangkatnya menyatakan taat setia kepada pihak yang lebih tinggi pangkatnya. Samurai diberi anugerah bagi kesetiaan mereka dengan tanah yang diserahkan dan dibahagi-bahagikan di kalangan anak-anak mereka dengan keizinan tuannya.Hierarki yang mencantumkan sistem kerajaan ini diperkukuhkan ikatan kesetiaan yang kuat antara samurai dan orang bawahan mereka.

Setiap keshogunan adalah dinamik dan tidak statik. Kuasa sentiasa bertukar tangan dan kewibawaan selalu samar. Kajian tentang pasang surut dalam sejarah yang kompleks ini sentiasa menarik perhatian para sarjana. Setiap keshogunan menghadapi persaingan. Punca-punca persaingan termasuklah maharaja dan golongan aristokrat istana, saki-baki sistem kerajaan maharaja, sistem shōen, kuil-kuil dan tokong-tokong utama, shugo dan jitō, kokujin dan daimyo moden terawal. Setiap keshogunan membayangkan keperluan terhadap cara baru bagi keseimbangan kelayakan kekuasaan pusat dan wilayah yang berubah-ubah.[10]