Pada 1897, ketua bandar Hangzhou, Lin Qi menubuhkan Akedemi Qiushi. Beliau mengkaji sistem pendidikan tinggi Barat dan mengguna pakai sistem itu dalam akademi itu. Akademi itu dinamakan semula menjadi Kolej Chekiang pada 1902, dan pada tahun selepasnya, menjadi Institut Pengajian Tinggi Chekiang.

Selain itu, Yuying Xuetang (Kolej Yuying) ditubuhkan pada 1902. Kolej tersebut dinamakan semula sebagai Yuying Yishu, dan kemudiannya Akademi Yuying. Pada 1911, institut itu menjadi Kolej Zhijiang dan berpindah ke luar Hangzhou. Pada 1912, Sekolah Perubatan Zhejiang pula ditubuhkan, dan lama-kelamaan menjadi sebahagian daripada universiti ini.

Pada 1927, beberapa buah sekolah dan kolej bergabung ke dalam Akademi Qiushi. Nama institut pengajian tersebut kini menjadi National Third Sun Zhongshan University, sempena Sun Yat-sen. Pada 1 April 1928, universiti ini dinamakan semula sebagai Universiti Che Kiang (kini Universiti Zhejiang disebabkan oleh sistem pinyin), dan pada tahun sama, menjadi Universiti Kebangsaan Che Kiang.

Bermula dari Perang China-Jepun Kedua pada 1937, universiti ini dipindahkan ke Guizhou hingga 1946. Pada 1938, presiden universiti, Chu Coching telah menetapkan frasa "mencari kebenaran" (求是, qiúshì) sebagai moto universiti.