Menurut kebanyakan sumber, yogurt dicipta oleh orang Asia Tengah pada zaman Neolitik.[2] Hasil analisis genom L. delbrueckii subsp. bulgaricus menunjukkan bahawa bakteria itu mungkin berasal daripada permukaan suatu tumbuhan.[3] Barangkalinya susu dijangkiti dengan spontan dan tidak sengaja dengan tersentuh tumbuhan, tidak pun bakteria disebarkan melalui ambing haiwan ternakan tenusu.[4]

Menurut catatan India purba, adanya suatu kombinasi yogurt dengan madu yang bergelar "santapan dewa-dewi".[5] Menurut tradisi rakyat Parsi, Nabi Ibrahim a.s. subur dan panjang umur kerana selalu makan yogurt.[6]

Catatan-catatan terawal yang menyebut yogurt dikatakan oleh Gaius Plinius Secundus yang mengkhabarkan bahawa sesetengah "bangsa-bangsa gasar" tahu cara "memekatkan susu menjadi bahan yang secukup masam".[7] Penggunaan yogurt oleh bangsa Turki tercatat dalam buku Diwan Lughat al-Turk oleh Mahmud Kashgari dan Kutadgu Bilig oleh Yusuf Has Hajib dari abad ke-11.[8][9] Kedua-dua karya menyebut tentang penggunaan "yogurt" oleh suku-suku nomad Turki.[8][9] Yogurt-yogurt terawal barangkali penapaian secara spontan oleh bakteria liar dalam kantung kulit kambing.[10]

Sesetengah sumber menyebut bahawa tukang-tukang masak kepada Akbar si Maharaja India menggunakan biji sawi dan kayu manis untuk merencah yogurt.[11] Satu lagi catatan silam mengenai penemuan yogurt oleh bangsa Eropah terdapat dalam sejarah klinikal Perancis: Francis I sekali menghidap cirit-birit parah yang tidak terubat oleh seorang pun tabib Perancis. Sekutunya Sulaiman al-Qanuni mengutuskan seorang tabib yang kononnya mengubati baginda dengan yogurt.[11][12] Sebagai membalas budi, raja Perancis itu menyebarkan khabar tentang makanan penawarnya ke seluruh dunia.

Sehingga 1900-an, yogurt adalah makanan ruji bagi rakyat Empayar Rusia (terutamanya Asia Tengah dan Kaukasus), Asia Barat, Eropah Tenggara/Balkan, Eropah Tengah dan India. Stamen Grigorov (1878–1945), seorang penuntut perubatan Bulgaria di Geneva, mula-mula mengkaji mikroflora dalam yogurt Bulgaria. Pada 1905, beliau menghuraikan kuman itu sebagai bakteria asid laktik berbentuk rod bundar. Pada 1907, bakteria rod itu digelar Bacillus bulgaricus (kini Lactobacillus delbrueckii subsp. bulgaricus). Ahli biologi Rusia Ilya Ilyich Mechnikov dari Institut Pasteur di Paris terpengaruh oleh usaha Grigorov lalu mengandaikan bahawa tabiat makan yogurt adalah punca kepanjangan umur kaum petani Bulgaria yang luar biasa. Mechnikov percaya bahawa Lactobacillus penting untuk kesihatan dan berusaha untuk melariskan yogurt sebagai makanan ke seluruh Eropah.

Isaac Carasso mengindustrikan pengeluaran yogurt. Pada 1919, Carasso dari Salonika Osmaniah membuka sebuah kedai yogurt kecil-kecilan di Barcelona, Sepanyol, yang bernama Danone ("Daniel kecil") sempena anak lelakinya.

Yogurt campur jem buah-buahan dipatenkan pada tahun 1933 oleh perusahaan tenusu Radlická Mlékárna di Prague.[13]