Akatsuki terdiri daripada ninja pelarian Kelas-S yang telah keluar daripada kampung masing-masing oleh pelbagai punca dan sebab. Harus diambil perhatian bahawa, Pain dan Konan bukanlah ninja pelarian kerana mereka memiliki dan mentadbir perkampungan ninja yang diiktiraf oleh dunia luar. Turut dinyatakan bahawa Kakuzu memiliki suatu "tabiat" yang suka membunuh teman sepasukannya pada suatu ketika dahulu, namun tidak pernah diketahui siapakah teman sepasukannya itu sebelum dia digandingkan bersama Hidan. Setakat ini, hanya Madara Uchiha dan Zetsu merupakan ahli daripada Akatsuki yang masih tertinggal.

Senarai keahlian

• Tobi atau Uchiha Obito (Pengasas Akatsuki; bergabung bersama-sama Uchiha Madara dalam perang dunia ninja ke-4)
• Deidara (terbunuh; tiada pengganti)
• Hidan (tidak mampu bertarung; tiada pengganti)
• Kisame Hoshigaki (terbunuh; tiada pengganti)
• Kakuzu (terbunuh; tiada pengganti)
• Konan (Meninggalkan Akatsuki setelah kematian Nagato)
• Orochimaru (keluar; mati ataupun dikurung; tiada pengganti)
• Pain (ketua Akatsuki[18]; terbunuh; tiada pengganti)
• Sasori (terbunuh; diganti oleh Tobi)
• Itachi Uchiha (terbunuh; tiada pengganti)
• Zetsu

-(Bahagian hitam merupakan semangat Uchiha Madara yang telah ditanam); Bahagian putih pula ialah gabungan sel Gedou Mazou dengan Senju hashirama atau Shodaime Hokage (digunakan sebagai tentera akatsuki dalam perang dunia ninja ke-4

-(Sebanyak 100 ribu zetsu putih dihasilkan menggunakan sel hokage pertama termasuk sel yang tertinggal dalam tubuh Tenzou atau Yamato Taichou)

Senarai pakatan

• Amegakure (kampung ninja yang diuruskan oleh Pain, hubungkait terputus setelah kematian Pain dan Konan keluar daripada organisasi)
• Kabuto Yakushi (anak buah Sasori, kemudian keluar menyertai Orochimaru)
• Yura (anak buah Sasori, terbunuh)
• Mukade (anak buah Sasori, terbunuh)
• Ginji (Pengurus kewangan Kakuzu, status tidak diketahui)
• Zangei (Pengutip ganjaran tebusan, ditangkap)
• Kumpulan Taka (Pasukan bersekutu dengan Akatsuki)