Objektif utama

Walaupun sesetengah anggota Akatsuki menyertai organisasi tersebut adalah kerana mereka memiliki tujuan tersendiri, namun mereka semua bersatu di bawah objektif utama Akatsuki untuk mendominasi seluruh dunia ninja[1]. Ketua mereka telah menerangkan tiga langkah untuk mereka mencapai tujuan tersebut[2]. Pertama, mereka perlu mendapatkan sumber kewangan yang tinggi untuk menyangga organisasi mereka[3]. Kedua, mereka akan menyediakan pasukan askar upahan yang setia kepada Akatsuki[4]. Untuk membina reputasi, mereka perlu menerima sebarang misi dengan kos yang rendah berbanding negara ninja yang lain (ini akan dibantu oleh sumber kewangan daripada langkah pertama)[5]. Oleh kerana tidak berlaku peperangan sejak kebelakangan ini, negara-negara ninja tidak akan dapat merendahkan kos upah mereka, mengakibatkan negara-negara ninja kecil mendapatkan bantuan Akatsuki berbanding negara-negara ninja yang memiliki kos yang tinggi[6]. Dengan menggunakan biju yang dikumpul, Akatsuki akan menggunakannya untuk memulakan peperangan, mengukuhkan kedudukan mereka dan mendapatkan keyakinan negara-negara lain untuk emndapatkan perkhidmatan mereka di mana ini akan mengakibatkan mereka mendominasi upah untuk misi-misi di dunia ninja[7]. Tanpa sebarang urusniaga, negara-negara ninja besar akan musnah kerana tidak mempunyai sumber kewangan[8]. Akhir sekali, selepas Akatsuki diangkat sebagai kuasa besar ninja, mereka dengan mudah boleh menguasai mana-mana negara ninja[9]. Ahli tidak akan terus mengetahui perancangan ini sebaik sahaja mereka menyertai organisasi ini; sebagai contoh ialah Hidan yang hanya mengetahui perancangan ini setelah beberapa ketika berada di dalam organisasi[10].

Penangkapan biju iaitu sembilan raksasa syaitan yang memiliki keupayaan hebat adalah fokus utama organisasi ini. setiap ahli diberikan tugasan untuk menangkap seekor daripada sembilan ekor yang ada secara hidup-hidup, atau di dalam banyak insiden, menangkap jinchuriki yang mengurung biju tersebut[11]. Akatsuki telah berjaya mengurung tujuh daripada sembilan ekor biju yang ada sebelum deklarasi Perang Dunia Ninja Keempat[12].

Objektif Madara

Projek Mata Rembulan (月の眼計画, Tsuki no Me Keikaku) merupakan rancangan terbesar yang diusahakan oleh Madara Uchiha demi mendominasi dunia, yang mana ianya melibatkan Sasuke Uchiha untuk berselaras dengan "Patung Puaka dari Jalan Luar" Gedō Mazō (外道魔像) yang telah mengurung tujuh daripada sembilan biju yang ada oleh Akatsuki. Madara menyatakan bahawa, selepas Sasuke gagal dalam usaha untuk menangkap Killer Bee dan "Lembu Gergasi Berekor Lapan" Hachibi no Kyogyū (八尾の巨牛), dia menyatakan bahawa dia sudah terlalu lama bersabar dan menyatakan bahawa sudah sampai masa yang sesuai untuk di keluar daripada persembunyian dan memulakan perancangannya itu.

Selepas Madara membongkarkan niat dan perancangan kepada empat daripada lima Kage di Negara Besi yang mana melihatkan para kage telah menolak kemahuan Madara yang menginginkan dua lagi Jinchūriki terakhir iaitu Naruto Uzumaki dan Killer Bee. Para Kage juga telah bersatu dan mewujudkan Pakatan Ninja untuk menghalang perancangan oleh Madara itu daripada berjaya.

Madara merancang untuk mengumpul ke semua sembilan biju untuk disatukan kepada bentuk asalnya iaitu "Makhluk Syaitan Berekor Sepuluh" Jūbi (十尾). Madara kemudian berniat untuk menjadi hos kepada raksasa tersebut untuk membolehkannya memiliki kuasa yang hebat. Dia turut merancang untuk mempergunakan bulan (yang menjadi penjara kepada badan asal Jubi) untuk menyelimuti dunia dengan teknik "Tsukuyomi Abadi" Mugen Tsukuyomi (無限月読), yang mana ianya akan membolehkan Madara mengawal semua hidupan untuk mencipta dunia yang tiada konflik dan dendam.

Sebahagian daripada rancangan ini adalah melibatkan Zetsu yang diarahkan untuk mengalihkan perhatian para Kage dan mengumpan mereka untuk bertarung dengan Sasuke. Dengan berbuat sedemikian, Madara berharap para Kage akan menjadi lemah dan boleh ditangkap sebagai tebusan dan seterusnya mempercepatkan rancangannya. Namun begitu, semua itu mengalami kegagalan oleh kerana Madara telah salah mentafsir kebolehan sebenar Sasuke.

Objektif Pain

Pain turut menerangkan peranan biju dalam rancangannya secara mendalam. Ke semua biju ini akan digunakan untuk mencipta sejenis Kinjutsu berkuasa yang mampu memusnahkan salah satu negara besar ninja dalam sekelip mata, agar jika sesebuah negara ninja terlibat dengan peperangan dan mereka tidak memiliki kuasa ketenteraan, maka mereka akan mengharapkan kepada Akatsuki dan "senjata" mereka. Mana-mana pihak yang dapat boleh membuatkan Pain menggunakan teknik tersebut, akan membolehkan mereka memusnahkan pihak yang lain. Ini akan menakutkan pihak yang disasar agar tidak diserang oleh pihak yang mengupah Akatsuki dan menimbulkan ketakutan kepada mereka agar tidak memulakan sesuatu peperangan; atau mereka juga akan turut dimusnahkan. Melalui "kengerian" yang diwujudkan ini, perang akan terhentidan dunia akan mengenali erti keamanan, sehinggalah manusia melupakan "kengerian" tersebut dan menggunakan semula senjata tersebut. Maka, putaran antara keamanan dan peperangan akan berterusan, mewujudkan masa yang singkat untuk suatu keamanan di dalam rantai kebencian yang tidak berpenghujung[13].

Bagaimanapun, perancangan ini hanya diketahui oleh Pain dan Konan sahaja yang mengetahui perancangan ini. Selepas kematian Pain dan Konan keluar daripada Akatsuki, matlamat ini telah dibubarkan.

Objektif Itachi

Selepas berlakunya insiden Pembunuhan Beramai-ramai Klan Uchiha, Itachi menyertai Akatsuki adalah atas dasar mahu melindungi Konohagakure dan memerhatikan tindakan mereka, terutamanya Sasuke daripada dunia luar. Ketika berada di dalam Akatsuki, Itachi sering melengah-lengahkan usahanya untuk menangkap Kyubi dan membocorkan rahsia tindakan Akatsuki kepada Konoha dan pernah cuba untuk membunuh Madara melalui Sasuke. Sebelum kematiannya, Itachi telah menyerahkan sebahagian "kuasa" miliknya kepada Naruto dan memberitahu Naruto agar terus melindungi Konohagakure dan Sasuke, seandainya terjadi perkara mengenai Sasuke mahu memusnahkannya. "Kuasa" yang diberikan oleh Itachi kepada Naruto masih belum diketahui buat masa ini.