Maharaja Shah Jahan menugaskan pembinaan Red Fort pada 12 Mei 1638, ketika ia memutuskan untuk mengalihkan ibunya dari Agra ke Delhi. Pada asalnya merah dan putih, warna-warna kegemaran Shah, [12] rekaannya dikreditkan kepada arkitek Ustad Ahmad Lahouri, yang juga membina Taj Mahal.[13][14] Kubu terletak di sepanjang Sungai Yamuna, yang memberi makan kubah yang mengelilingi kebanyakan dinding.[15] Pembinaan bermula pada bulan suci Muharram, pada 13 Mei 1638.[16]:01 Diawasi oleh Shah Jahan, ia diselesaikan pada 6 April 1648.[17][18] Tidak seperti kubu-kubu Mughal yang lain, dinding sempadan Red Fort tidak simetri untuk menampung Kota Salimgarh yang lebih tua. [16] :04 Istana kubu adalah titik pusat kota Shahjahanabad zaman pertengahan, yang merupakan zaman dahulu di Delhi Lama. Perancangan dan estetika mewakili kemuncak kreativiti Mughal yang berlaku semasa pemerintahan Shah Jahan.[petikan diperlukan] Penggantinya Aurangzeb menambah Masjid Mutiara ke kuarters peribadi empayar, membina barbican di hadapan dua pintu utama untuk membuat pintu masuk ke istana lebih lincah.[16]:08

Struktur pentadbiran dan fiskal dinasti Mughal merosot selepas Aurangzeb, dan abad ke-18 menyaksikan kemerosotan istana. Apabila Jahandar Shah mengambil alih Red Fort pada tahun 1712, ia telah tanpa maharaja selama 30 tahun. Dalam masa setahun bermula pemerintahannya, Shah dibunuh dan digantikan oleh Farrukhsiyar. Untuk mendapatkan wang, siling perak Rang Mahal diganti dengan tembaga dalam tempoh ini. Muhammad Shah, yang dikenali sebagai 'Rangila' (yang berwarna-warni) kerana kepentingannya dalam seni, mengambil alih Red Fort pada tahun 1719. Pada tahun 1739, Maharaja Persia Nadir Shah dengan mudah mengalahkan tentera Mughal, merampas Benteng Merah termasuk Arasy Merak. Nadir Shah kembali ke Persia selepas tiga bulan, meninggalkan sebuah bandar yang musnah dan empayar Mughal yang lemah kepada Muhammad Shah. [16] :09 Kelemahan dalaman kerajaan Mughal menjadikan ketua-ketua titel Mughals Delhi, dan perjanjian 1752 menjadikan pelindung Marathas takhta di Delhi. [19] [20] 1758 Maratha penaklukan Lahore dan Peshawar [21] meletakkan mereka dalam konflik dengan Ahmad Shah Durrani. [22] [23] Pada 1760, Maratha mengeluarkan dan mencairkan siling perak Diwan-i-Khas untuk mengumpul dana untuk mempertahankan Delhi dari tentera Ahmed Shah Durrani.[24] [25] Pada 1761, selepas Marathas kehilangan pertempuran ketiga Panipat, Delhi diserbu oleh Ahmed Shah Durrani. Sepuluh tahun kemudian, Shah Alam naik takhta di Delhi dengan sokongan Maratha.[16]:10 Pada tahun 1783, Sikh Misl Karorisinghia, yang diketuai oleh Baghel Singh Dhaliwal, menaklukkan Delhi dan Red Fort sebentar. [26] Pada tahun 1788, sebuah garrison Maratha kekal menduduki Benteng Merah dan Delhi dan memerintah di utara India selama dua dekad yang akan datang sehingga mereka telah dirampas oleh Syarikat Hindia Timur British berikutan Perang Anglo-Maratha Kedua pada 1803.[26]

Semasa Perang Anglo-Maratha Kedua pada tahun 1803, pasukan British East India Company mengalahkan pasukan Maratha dalam Pertempuran Delhi; ini mengakhiri pemerintahan Maratha kota dan kawalan mereka ke Red Fort.[27] Selepas pertempuran, British mengambil alih pentadbiran wilayah Mughal dan memasang Residen di Red Fort.[16]:11 Maharaja Mughal yang terakhir untuk menduduki kubu, Bahadur Shah II, menjadi simbol pemberontakan 1857 terhadap British di mana penduduk Shahjahanbad berpartisipasi.[16]:15

Walaupun kedudukannya sebagai kerusi kuasa Mughal dan keupayaan pertahanannya, Fort Red tidak dipertahankan semasa pemberontakan 1857 terhadap British. Selepas pemberontakan gagal, Bahadur Shah II meninggalkan kubu pada 17 September dan ditangkap oleh pasukan British. Dia kembali ke Red Fort sebagai tahanan British, diuji pada tahun 1858 dan dibuang ke Rangoon pada 7 Oktober tahun itu.[28] Dengan penghujung pemerintahan Mughal, pihak British menafikan perampasan sistematik barang berharga dari istana kubu. Semua perabot telah dikeluarkan atau dimusnahkan; pangsapuri harem, kediaman dan taman hamba dimusnahkan, dan barak batu yang dibina.[4] Hanya bangunan marmar di sebelah timur di kandang empayar melarikan diri dengan kemusnahan lengkap, tetapi dijarah dan rosak. Walaupun tembok pertahanan dan menara relatif tidak cedera, lebih daripada dua pertiga daripada struktur dalamnya dimusnahkan oleh British. Lord Curzon, Viceroy dari India dari 1899 hingga 1905, mengarahkan pembaikan ke kubu termasuk pembinaan semula tembok dan pemulihan taman-taman yang lengkap dengan sistem penyiraman.[29]

Sebahagian besar perhiasan dan karya seni Fort Red telah dijarah dan dicuri semasa pencerobohan Nadir Shah pada tahun 1747 dan sekali lagi selepas Pemberontakan India yang gagal pada tahun 1857 melawan British. Mereka akhirnya dijual kepada pengumpul swasta atau British Museum, Perpustakaan British dan Muzium Victoria dan Albert. Sebagai contoh, berlian Koh-i-Noor, cawan wain jade Shah Jahan dan mahkota Bahadur Shah II semuanya terletak di London. Pelbagai permintaan untuk pengembalian telah ditolak oleh kerajaan British.[30]

1911 menyaksikan lawatan raja dan ratu British untuk Delhi Durbar. Sebagai persiapan lawatan, beberapa bangunan telah dipulihkan. Muzium Arkeologi Benteng Merah juga dipindahkan dari rumah drum ke Mumtaz Mahal.

Percubaan INA, yang juga dikenali sebagai Ujian Benteng Merah, merujuk kepada tentera-tentera beberapa pegawai Tentera Negara India. Yang pertama diadakan antara November dan Disember 1945 di Benteng Merah.

Pada 15 Ogos 1947, Perdana Menteri India pertama Jawaharlal Nehru menaikkan bendera negara India di atas Gerbang Lahore. Pada setiap Hari Kemerdekaan, perdana menteri telah menaikkan bendera itu dan diberi ucapan yang disiarkan di seluruh negara.[31]

Selepas Kemerdekaan India, laman web ini mengalami beberapa perubahan, dan Fort Red terus digunakan sebagai kantonmen ketenteraan. Sebahagian besar kubu kekal di bawah kawalan Tentera India sehingga 22 Disember 2003, apabila diberikan kepada Kajian Arkeologi India untuk pemulihan.[32][33] Pada tahun 2009 Pelan Pemuliharaan dan Pengurusan Komprehensif (CCMP), yang disediakan oleh Ukur Arkeologi India di bawah arahan Mahkamah Agung untuk menghidupkan semula kubu, diumumkan.[34][35][36]