Firefly terbang dari dua hab, Pulau Pinang dan Subang di Kuala Lumpur. Penerbangan domestik dari Pulau Pinang ialah Langkawi, Kota Bharu, Subang, Kuala Terengganu dan Kuantan 14 kali setiap minggu serta Koh Samui dan Phuket di Thailand tujuh kali seminggu. Penerbangan dari Subang ialah Pulau Pinang, Langkawi, dan Kota Bharu.

Indonesia

• Banda Aceh (Lapangan Terbang Sultan Iskandarmuda)
• Medan (Lapangan Terbang Antarabangsa Polonia)
• Pekanbaru (Lapangan Terbang Antarabangsa Sultan Syarif Qasim II)

Malaysia

• Johor Bahru (Lapangan Terbang Antarabangsa Senai)
• Kerteh (Lapangan Terbang Kerteh)[1]
• Kota Bharu (Lapangan Terbang Sultan Ismail Petra)
• Kota Kinabalu (Lapangan Terbang Antarabangsa Kota Kinabalu)
• Kuala Lumpur (Lapangan Terbang Sultan Abdul Aziz Shah) Hab Utama
• Kuala Terengganu (Lapangan Terbang Antarabangsa Sultan Mahmud)
• Kuantan (Lapangan Terbang Sultan Haji Ahmad Shah)
• Kuching (Lapangan Terbang Antarabangsa Kuching)
• Langkawi (Lapangan Terbang Antarabangsa Langkawi)
• Sandakan (Lapangan Terbang Sandakan)
• Sibu (Lapangan Terbang Sibu)
• Pulau Pinang (Lapangan Terbang Antarabangsa Pulau Pinang) Hab Kedua

Thailand

• Hat Yai (Lapangan Terbang Antarabangsa Hat Yai)
• Koh Samui (Lapangan Terbang Samui)
• Phuket (Lapangan Terbang Antarabangsa Phuket)

Pihak Sistem Penerbangan Malaysia (MAS) telahpun menghantar kertas cadangan kepada pihak kerajaan untuk menambah laluan Firefly. Antara destinasi yang dipohon adalah Ipoh, Subang, Johor Bahru, Kota Kinabalu, Singapura, dan Indonesia.