Negara Indonesia terletak di antara:

• Latitud 6º U – 11º S dan Longitud 95º T - 141º T
• Lautan Pasifik dengan Lautan Hindi
• Benua Asia dengan benua Australia

Indonesia mempunyai 18,018 buah pulau yang tersebar di sekitar garisan khatulistiwa dan beriklim tropika. Hanya sekitar 7,000 buah pulau berpenghuni. Lima pulau yang terbesar ialah Pulau Jawa, Sumatra, Kalimantan, Sulawesi, dan Papua, dengan Pulau Jawa mempunyai setengah daripada jumlah penduduk Indonesia yang merupakan pulau yang terpadat.

Indonesia juga terletak di atas plat tektonik. Ini bermakna bahawa Indonesia sering mengalami gempa bumi dan tsunami. Kedudukan ini juga menyebabkan Indonesia memiliki sekurang-kurang 66 buah gunung berapi, termasuk Gunung Krakatau, sebuah gunung berapi yang paling terkenal di antara Sumatera dan Jawa, tetapi kini sudah hapus.

Flora dan fauna di Indonesia amat berbeza di antara Kalimantan, Bali dan pulau-pulau barat di satu bahagian serta Sulawesi, Lombok, dan pulau-pulau yang lebih timur di bahagian yang lain.Sempadan ekologi ini digelarkan Garis Wallace, sempena nama penemunya. Garis ini sering digunakan sebagai sempadan antara Asia dan Australasia dan oleh itu Indonesia merupakan sebuah negara dwibenua.