Kota Kinabalu dinamakan sempena Gunung Kinabalu, yang terletak kira-kira 50 kilometer ke arah timur laut bandar. Kinabalu berasal daripada nama Aki Nabalu. Aki pula bermaksud "datuk" dan Nabalu ialah nama untuk gunung dalam bahasa Dusun.[22] Terdapat juga sumber yang mengatakan bahawa istilah ini berasal daripada Ki Nabalu; Ki bermaksud "ada" atau "wujud", dan Nabalu bermaksud "semangat orang mati".[23]

Kota ialah perkataan Melayu untuk "kubu", "pekan", atau "bandar". Ia juga digunakan secara rasmi pada beberapa pekan lain di Malaysia, dan juga bandar, sebagai contoh, Kota Bharu, Kota Tinggi, dan Kota Kemuning. Perkataan Kota juga digunakan secara tidak rasmi untuk merujuk kepada mana-mana pekan atau bandar. Oleh itu, terjemahan langsung nama Kota Kinabalu ke dalam bahasa Inggeris ialah "Kinabalu City".

Nama asal

Selain Jesselton, ada beberapa teori lain tentang nama asal Kota Kinabalu. Yang paling terkenal, seperti yang dinyatakan di atas, ialah Api-Api, atau hanya Api. Ia dinamakan seperti itu oleh penduduk tempatan, terutamanya kaum Bajau, sempena memperingati pembakaran pejabat pentadbiran British di Pulau Gaya oleh Mat Salleh,[24] serta kejadian pembakaran lain yang biasanya dilakukan oleh lanun.

Di Muzium Negeri Sabah terdapat peta Belanda Borneo dan Sulawesi bertarikh tahun 1657, satu penyelesaian di mana Jesselton sememangnya dilabel Api Api. Ia mungkin mempunyai kaitan dengan pokok di tepi pantai dengan akar pernafasan yang menunjukkan nama yang sama.[25]

Dalam bahasa Cina, bandar ini dikenali sebagai "Api" dan disebut orang Hakka sebagai 亚庇 (Ringkas Cina; Cina Tradisional: 亚庇; Pinyin: Ya Bi)

Terdapat dakwaan bahawa kawasan Kota Kinabalu sekarang sebenarnya dinamakan sempena sungai berdekatan yang dipanggil Sungai Api-Api.[3] Selain Api-Api, satu lagi nama yang dikatakan ialah Deasoka, yang bermaksud "di bawah pokok kelapa".[26] Penduduk tempatan Bajau menggunakan nama ini bagi merujuk pada sebuah kampung di bahagian selatan bandar yang dipenuhi pokok kelapa. Nama lain ialah Singgah Mata yang bermaksud "mata transit", tetapi boleh juga diterjemahkan sebagai "menyenangkan mata". Ia ialah nama yang diberikan oleh nelayan dari Pulau Gaya yang merujuk kepada kawasan yang hari ini merupakan pusat bandar Kota Kinabalu.[27] Hari ini, semua nama ini digunakan sebagai nama jalan atau bangunan di sekitar bandar. Beberapa contohnya ialah Lintasan Deasoka, Api-Api Centre dan Jalan Singgah Mata.