Di Wuhan, pada Disember 2019, satu kumpulan kes pertama yang menunjukkan tanda-tanda "pneumonia atas sebab yang tidak diketahui" dikaitkan dengan pasar borong yang menjual haiwan dan makanan laut, serta mempunyai seribu gerai menjual ayam, daging, kelawar, marmot, ular berbisa, rusa dan organ-organ kelinci dan binatang liar yang lain (Ye wei), iaitu daging binatang liar, hipotesis segera adalah bahawa ini adalah koronavirus baru dari sumber haiwan (zoonosis)[7][234][235][236]

Koronavirus terutamanya menular di kalangan haiwan, tetapi telah diketahui berkembang dan menjangkiti manusia pada masa lalu seperti yang telah diketahui dengan penyakit hampir serupa semacam SARS, MERS bersama-sama dengan empat koronavirus lain yang dijumpai dalam manusia yang menyebabkan gejala penyakit pernafasan ringan seperti selesema biasa.[237] Urutan genom SARS-CoV-2 adalah 75 hingga 80 peratus yang serupa dengan SARS-CoV, dan lebih daripada 85 peratus yang serupa dengan beberapa koronavirus di dalam kelawar.[238] Semua koronavirus yang diketahui menjangkiti manusia telah terbukti menyebar di kalangan orang.[239][240] Penyebaran koronavirus biasanya dianggap berlaku di kalangan kenalan rapat melalui titisan pernafasan yang dihasilkan oleh bersin dan batuk.

Urutan betakoronavirus Wuhan menunjukkan persamaan dengan betakoronavirus yang terdapat dalam kelawar; Walau bagaimanapun, virus ini secara genetik berbeza daripada koronavirus lain seperti koronavirus berkaitan SARS dan koronavirus berkaitan dengan Sindrom Pernafasan Timur Tengah (MERS).[241] Seperti SARS-CoV, ia adalah ahli garis keturunan Beta-CoV B.[242]

Lima genom koronavirus baru telah diasingkan dan dilaporkan termasuk BetaCoV/ Wuhan/IVDC-HB-01/2019, BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-04/2020, BetaCoV/Wuhan/IVDC-HB-05/Wuhan/WIV04/2019, dan BetaCoV/Wuhan/IPBCAMS-WH-01/2019 dari Institut Kebangsaan CDC China untuk Kawalan dan Pencegahan Tularan Penyakit, Institut Biologi Patogen, dan Hospital Wuhan Jinyintan.[241][243][244] Urutan RNAnya adalah kira-kira 30 kbp dalam panjangnya.[241]